六月二十六日，法国兵船进入天津海河。曾国藩闻讯呕吐大作，一病不起。六月二十八日，慈禧太后再发上谕，谕令李鸿章即带军赶赴京畿驻防，命马新贻迅速调动长江水师，安排江苏、上海海口防范事宜。就在马新贻费尽心思地思考如何从黄翼升手中夺过长江水师的指挥权时，他遇刺了。因此不少人都怀疑黄翼升就是刺马主谋，不过联想到黄翼升与曾国藩的关系，没有人敢把这话说出口——黄翼升如果是刺马主谋，难道曾国藩会不知道吗？没有人敢往深层想。
郑敦谨恍然大悟后，又是惶恐又是无奈，不敢再深究下去，于是也如同曾国藩一样，开始做起了表面文章。参加会审的孙衣言、袁保庆看到会审不过是走走过场，将十八名人证点名一次就算审完了，很是不满，多次要求以酷刑逼问张文祥，都被郑敦谨婉言拒绝。而在无聊的审讯和官员们的争辩中，一心要找出真相的孙衣言和袁保庆也精疲力竭了。
正月二十九日，郑敦谨到达江宁还不到一个月，便与曾国藩联名上奏，奏结基本上用的是之前张之万、魁玉的定拟叙述，不过更加详细，取供、采证、行文更加缜密。所不同的是对张文祥的量刑更加残酷，除了拟凌迟处死外，又增加了一条“摘心致祭”，并戮其子。
对于这样照旧糊里糊涂的奏结，参加会审的孙衣言、袁保庆拒绝在上面签字画押，以此表示不满。但郑敦谨、曾国藩均是饱经世故的人物，手段、谋略远比孙、袁二人高明，他们索性在奏结中不提孙衣言、袁保庆参加会审一事，这样根本就无需二人的签名。
在上奏的同时，郑敦谨、曾国藩又抢先将供招抄录分送军机处、刑部存案，造成定案的既定事实。意思很明白，这是最后定案。在奏章外，曾国藩和郑敦谨还特意附了一张“片子”，上面写着：“该犯供词，尚属可信。”与之前张之万、魁玉的用语一模一样。
至此，距离张文祥刺杀马新贻已经有八个月时间。
陆、传闻
刺马案久审不能结案，刺客供词闪烁，主审官员含糊其辞，前后审案官员多达五十余人，每次奏结均疑点重重，无法自圆其说。所以一时流言纷纷，各种传闻迭起，飞短流长，更使得案情扑朔迷离。当年袁世凯年仅十五岁，竟然也十分好奇地去向参与会审的嗣父袁保庆（本为袁世凯叔父，袁世凯被过继给他为子）探询。
关于刺马案，民间有多种传闻，众说纷纭，莫衷一是。曾国藩回任两江总督后，竟然也派心腹彭玉麟、赵烈文、吴汝纶等人四下出动，去民间访得这些传闻，作为审案的参考。
流传最广的传闻是马新贻“渔色负友”说。
传闻说，咸丰年间，张文祥与其友曹二虎、石锦标加入捻军，张文祥是个头目。当时马新贻因合肥县失守被革去县令一职。马新贻急于戴罪立功，率领团练与捻军交战。在一次战斗中，马新贻兵败，被张文祥、曹二虎等人活捉。张文祥和曹二虎有意投降清军，便主动与马新贻结为兄弟，随之反正。降军被编为两营，因为马新贻号谷山，称为山字营，张文祥为营官。山字营随马新贻四处作战，屡立战功，马新贻由此不断升官，一路扶摇直上。
这一版的传闻多有漏洞，年份、事迹无一与马新贻年谱和《清史》相符。根据《清史》记载，咸丰三年（1853）马新贻任合肥知县，随钦差大臣袁甲三攻打太平军，多有战功，并没有被革职一说。之后马新贻率军从太平军手中夺回庐州有功，还升任庐州知府。马新贻一生中唯一一次被革职是咸丰八年（1858）任安徽按察使时，在庐州被太平军英王陈玉成打败，但也是革职留任，两年后即重新复官。
传闻又说，同治四年（1865），马新贻升到安徽布政使，已有些看不起张文祥、曹二虎的意思了。曹二虎却不知情，还将妻子接至马新贻的官府居住。马新贻见曹二虎之妻美艳，顿起歹心，设法骗奸。张文祥得知后，告诉了曹二虎。正当二人商议该怎么办时，马新贻抢先下手，一边派曹二虎去寿春镇领军火，一边使人告诉该镇总兵徐周说曹二虎“通捻”。中军官拿着令箭当众逮捕了曹二虎，徐周告知原委后，随即命人在市集将曹二虎公然斩首示众。张文祥侥幸逃脱后，发誓为曹二虎报仇。他用精钢打造了两把短刀，用毒药淬过。每天夜深人静后，叠起三四张牛皮，用短刀去刺，练习刺击的手劲。起先因为手劲不够，难以贯穿。之后天天练习，坚持了两年后，已经可以一刀洞穿五张厚牛皮。张文祥这样做的用意，是假定马新贻身穿革甲，也可以一刀致命。自从功夫练成后，张文祥一直暗中跟随马新贻，先后到浙江、福建、江宁，最终找到机会杀了他。据说马新贻看清凶手是张文祥后，说了一声：“是你啊！”接着便吩咐左右：“不要难为他！”
这种传闻首尾俱全，枝叶纷披，听起来煞有介事。令其真实性得到加强的是乔松年的一首诗。乔松年任安徽巡抚时，马新贻刚好在他手下任安徽布政使。马新贻遇刺后，乔松年写诗吟咏，其中有“群公章奏分明在，不及歌场独写真”之句，显然是讽刺马新贻“渔色”。既然马新贻当时的顶头上司都说他“渔色”了，民间当然就更加信以为真了。马新贻死后不久，他的小妾郑氏在江宁府后院上吊自杀，这小妾便被说成是曹二虎之妻，更成了马新贻“渔色负友”的佐证。而张文祥一击得手，精准地刺中要害，表现出职业杀手的素质，也让张文祥勤练刺牛皮一说更加绘声绘影，言之凿凿。
其实，同治四年马新贻已经升任浙江巡抚，人根本不在安徽，他在浙江任上做了许多好事，很得当地老百姓的爱戴，这是众所周知的事实。马新贻借寿春镇总兵之手杀曹二虎一事也不合常理，真要杀人灭口，秘密通知徐周即可，何须将曹二虎当众处死？而马新贻一生颇有清名，并非传闻中那般无耻好色，他死时跟在身边的两名小妾金氏、郑氏均已经年过四十，跟随他已经超过二十年了，又哪里来的曹二虎之妻？
而乔松年有意写诗嘲讽马新贻的动机也十分可疑。马新贻升任浙江巡抚后，乔松年调任陕西巡抚。不久，马新贻升闽浙总督、两江总督，青云直上，乔松年却因病被免职。昔日的下属飞黄腾达，而自己却江河日下，乔松年心中很不好受。此人出身富贵之家，自小养尊处优，要风得风，要雨得雨，身上有极浓的纨绔之气，即使做过巡抚这样的大官，也不改其本性。恰好刺马案发生后，迷雾重重，真假难辨，乔松年幸灾乐祸，趁机附和“渔色负友”说，写歪诗泄愤，推波助澜，也不足为奇。
之前马新贻被张文祥一刀刺中时，大喊了声：“找着了！”被好事者解释为“冤家路狭，终于被找到了”的意思，认定马新贻与张文祥是旧识，让“渔色负友”说听起来更加煞有介事。其实马新贻是山东人，有浓重的山东口音，他喊的那一句本是：“扎着了！”马新贻在遗疏中还特意提到自己是被“不识姓名之人”所刺，以他当时命悬一线的状况，十足可信。
在“渔色负友”版本的传闻中，张文祥被塑造成忠肝义胆、为友复仇的侠士形象，大有昔日荆轲“风萧萧兮易水寒，壮士一去兮不复还”的风度。但如果马新贻真是富贵背友的话，曾国藩的结案已经多方顾及马新贻的体面，作为马新贻亲信的孙衣言、袁保庆，应该考虑到马新贻的名声重要，立即接受曾国藩的结案才合情合理，为什么二人却拒绝在奏结上签字呢？对于马新贻的个人生活，自小跟随在他身边的四弟马新祐（马新贻被刺时任河南试用知县）应该最清楚。如果马新贻真是帷薄阴私，为了澄清人品，马新祐应该立即接受审讯官员的结案，以为兄长掩饰。可是即使后来张文祥被凌迟处死后，马新祐还是觉得兄长疑案未明，并为此而怅恨终生。
种种疑点，只能说明“渔色负友”版本的故事完全是伪造出来的，有太多牵强附会的成分，根本不足采信。
有意思的是，刺马案发生后不久，江宁的酒楼茶肆开始传唱《金陵杀马》的评弹。没过几天，上海租界里的丹桂茶园又编排出了《刺马》一戏，其中马新贻是一个忘友背主、勾结洋教、出卖朝廷的大坏蛋，而张文祥则是一个侠肝义胆的大英雄。戏上演后轰动一时，朝廷竟然也没有派人出面干预。当时正值乡试，安徽学政殷兆镛也赶来凑热闹，出试题的时候，竟然寓其讥讽。
第二种传闻则是马新贻“私通回匪”说。
这种说法来源于张文祥本人的供词。据陈功懋（其祖父陈镜题曾参与会审张文祥的录供研讯）在《张文祥刺马新贻案真相》一文中说：张文祥供称咸丰七年他为发捻时，马新贻庐州失守，曾经被其俘获。但当时他并不知道马新贻就是庐州知府，因此将马新贻与随从时金彪一起释放。时金彪感激张文祥饶命之恩，曾经暗中告诉他：马新贻一直暗通甘肃的回民反清武装。后来张文祥看见马新贻“私通回匪”，却还能青云直上，为之不平，决意为朝廷除害，将其刺杀。
［同治元年（1862）三月，太平军西征部队进入陕西，各地回民纷纷响应，从此掀开了西北回民大起义的序幕。当时有个伊斯兰教阿訇名叫任武，曾经参加过咸丰年间的云南回民起义，起义失败后退回陕西，藏匿在渭南仓渡镇的清真寺中，时刻准备伺机再起。同治元年（1862）春，陕西团练大臣张芾强迫回民抽拔壮勇，又在华州虐杀回民，激起了公愤。任武感觉到时机来临，于是率领渭南回民揭竿而起，一举杀死张芾，并攻克华州等地，围攻西安，占领渭河流域。十分可惜的是，这支一度声势浩大的回民武装很快陷入了与汉人民众的敌对仇杀中，西安、大荔一带数十县均卷入其中，死亡人数多达数十万人，任武的力量也大大被削弱。同治二年（1863）初，清廷任命多隆阿为钦差大臣，西进攻打回民武装起义，相继攻陷了回民的后方基地羌白旗、王阁村等地，并以“护汉”为借口，大肆屠杀回民，史家河一带六十里之内尽成白地，渺无人烟。任武遭受巨创后，率部退往甘肃一带。此后，甘肃、宁夏、青海广大地区的回民也纷纷起义，逐渐形成了四支主要的军事力量：以马占鳌为首的起义军活动于甘肃南部；以马化龙为首的起义军活动于宁夏南部；以马文义为首的起义军活动于青海东部；以马文禄为首的起义军活动于甘肃西部。这其中，以马化龙部的力量最强，马化龙也因此成为整个西北回民起义军的一杆大旗。西北局势如此动荡，清廷深感不安。同治七年（1868），清朝廷派左宗棠以钦差大臣的身份西征。左宗棠经过周密计划后，没有直接进攻甘肃回民军，而是先将矛头对准了在陕甘交界处活动的董福祥部。董福祥部在重兵围困下被击溃，董福祥本人突围而出，但其父董世有和弟弟董福禄被清军招降。左宗棠又通过董世有招降了董福祥。从此，董部成为清廷对抗回民军的急先锋。清军的下一个目标是回民军中势力最大的马化龙。马化龙见清军势大，多次请求投降，并改名为马朝清。同治八年（1869）八月，清提督刘松山率老湘军到马五寨受降，被回军中反对投降者开枪打死。回军乘势反攻，清军大败。左宗棠认为马化龙“阳虽就抚，阴实助逆”，主张“痛剿以服其心”，此后加强了对马化龙部的进攻，由刘松山之侄刘锦棠继统老湘军力攻马化龙基地中心金积堡。同治九年（1870）底，马化龙再次投降。左宗棠阴谋“先抚后剿”，命令马化龙召各地回军至金积堡就抚。结果各地回军被骗到金积堡后，左宗棠大开杀戒，一人不留，马化龙也被处死。不久，左宗棠在太子寺击败甘肃南部回民军，并打败了青海回民军马文义部，占领西宁。同治十二年（1873），甘肃西部回民首领马文禄战败，向清军投降后被杀，清军占领肃州。至此，坚持十二年之久的西北回民起义全部失败。］
此供一出，匪夷所思，惊世骇俗。审讯官员惊愕相视，难以相信。录供者也停下了笔，不敢记录。江宁将军魁玉知道了后，不断摇头，连称“荒唐”。他亲自审问张文祥，张文祥只说：“我为天下除了一个通回匪的叛逆，有什么不好？”
被追问得急了，张文祥干脆说：“将军是主使人。”魁玉问道：“将军是谁？”张文祥大笑：“就是江宁将军你呀。”魁玉因此十分难堪。
后来时金彪被官府逮捕，带来江宁与张文祥对质。时金彪竭力否认张文祥的供词说：“张文祥诬我说过马大人勾通回匪的话，我伺候马大人多年，他家虽是回教，总没见他与回教人来往。现在官至一品，更不敢遵奉回教，我如何敢昧良心说马大人通回匪，实在是他诬报我的。”