与杨乃武的春风得意相比，小白菜的处境则日益艰难。更大的灾祸很快降临到这个不幸的女子头上。当时的余杭知县叫刘锡彤，已经年近七十。他有个儿子名叫刘子翰，是个典型的浪荡子，不学无术，游手好闲。他与仓前粮胥何春芳很是投机，二人经常一起出游闲逛。有一天，刘子翰偶然在街边看到了小白菜，不由得惊为天人，当即就下定决心要把小白菜弄到手。经过一番策划后，刘子翰指使一名佣妇将小白菜诱骗外出，四下无人时，强暴了小白菜。小白菜又气又恨，但却畏惧刘子翰的权势，不敢声张，苦水只能往自己肚子里流。回到家后，丈夫偶然留意到她神色不对，问起究竟，她也不敢说出来。
不过事情还没有就此完结。同治十二年（1873）八月二十四日，佣妇无意中将知县公子强暴小白菜的事告诉了熟人阮桂金（其弟阮德在县衙当捕役），阮桂金正好与粮胥何春芳有奸情，又转而告诉了何春芳。何春芳一听很是气愤。当天他与刘子翰同时在街上看到小白菜，都很是心动，还谈论过这女子容貌之俏丽为余杭县之首，不料这刘子翰竟然抢在了自己前头下手。他越想越气，二话不说，便直奔小白菜家而去。刚好房东王心培夫妇都不在家，何春芳一进门就以刘子翰之事要挟小白菜就范。小白菜仓皇无助，不知道该怎么办才好。正当何春芳上前要强暴小白菜之际，葛品连意外归来。看到这样的情形，葛品连这个老实人也终于忍不住了，破口大骂何春芳，何春芳只好灰溜溜地走了。
事后，葛品连也不敢去找刘子翰和何春芳，而是将满腔怒火全部出在小白菜身上，对她又打又骂，并且老账新账一起算，将她当初与杨乃武不轨的谣言又重新提了起来。小白菜从没见过老实巴交的丈夫变得如此面目狰狞，即使是之前“羊吃白菜”传得满城风雨时，他也没说过一句重话，更别提打自己了，当即就吓得傻了，只能哭泣不已。从此以后，葛品连对小白菜的态度完全变了，动辄喝骂不止，拳打脚踢。在小白菜心中，葛品连再也不是以前那个真心待她捧他的男人了，失去了真诚，他丑陋的相貌、矮胖的身材也越发可憎可恶起来。可是她除了逆来顺受外，也没有别的办法。
有一次，葛品连出门前让小白菜腌菜，回到家发现菜还没有腌，立即将小白菜叫过来狠狠打了一顿。这一次，小白菜失去了忍耐力，终于火山爆发了，冲进屋里抓起剪刀就要绞掉自己的头发去当尼姑。幸好二人的母亲喻氏和王氏闻讯赶来，劝阻了小白菜。经过双方家长调和，葛品连也有些后悔，又与小白菜和好了。但二人之间芥蒂已经深种，再也无法根除。终于，如同宿命一般，所有该发生的还是发生了……
当年十月初七，葛品连突然感到浑身乏力，忽冷忽热，并且双膝红肿，走路沉重。他本来一直患有流火病（小腿丹毒），小白菜认为是旧病复发，劝丈夫请假在家休息两天，但葛品连不听，照旧到豆腐店上工。
十月初九早上，正在豆腐店帮伙的葛品连突然身体不适，便向店主请假回家。路上，短粗矮壮的他不断哆嗦发抖，多次呕吐。当时他继父沈体仁正在路边大桥店内吃早茶，看见葛品连病恹恹的，走路都十分困难，知道他是流火病复发，因此也没有叫他。葛品连路过点心店时，还买了一个粉团，边走边吃，但走到学宫化字炉前时，就全部呕吐了出来。他两手抱肩，竭力支持，终于摇摇晃晃地走到了家。
王心培妻子正在门口，见葛品连又是发抖又是呻吟，知道他病得厉害，急忙喊小白菜出来扶他上楼。小白菜将丈夫扶回房间，给他脱掉外衣，让他躺下。又因为葛品连直喊冷，便一连盖了两床被子。问起病情，葛品连认为是流火病发作，也不去看大夫，而是拿了一千文钱给小白菜，让她拿去托岳父喻敬天代买桂圆和东洋参煎汤，打算补补元气。买来后，小白菜煎成汤给丈夫服下。但病情不但没有好转，反而愈见沉重。小白菜急忙托王心培的妻子去通知母亲王氏来帮助照料。王氏赶来时，葛品连仍然卧病在床，抖个不停，时欲呕吐。她帮助小白菜照料了半天，安慰了几句，便自己回家去了。
到了下午，葛品连开始喉中痰响，口吐白沫，已经无法回答小白菜的问话。小白菜急忙托王心培夫妇去找母亲王氏和公婆喻氏。众人赶到时，葛品连目光直视，双手不断在胸口乱抓，只是张不开口，说不出话来。这时候，众人才想起去请大夫。大夫找来诊断后，说是患了痧症，要用土办法万年青、萝卜子煎汤灌救。然而汤灌下去后，葛品连依旧昏迷不醒，撑到傍晚，终于气绝身亡。
众人悲痛欲绝，然而哭过之后，就要商议如何操办后事。商议的结果，是将尸体停放两天后再出殡。喻氏爱子心切，细心地给儿子擦洗了身子，并换了干净衣裳。因为大夫诊治在先，尸体也没有任何异常，在场众人都以为是痧症致死，并没有什么疑问。中国有句老话，叫做“寡妇门口是非多”。这似乎成了小白菜的谶语，她当上寡妇才一天，是非就不请自来地找上了门。
葛品连死后的第二天，也就是十月初十的晚上，尸体的口、鼻内开始有淡淡血水流出（据《洗冤录》记载，流火最忌桂圆，服之口鼻流血足以致死）。葛品连义母冯许氏见后疑心大起，提出义子死因可疑。喻氏过来仔细查看，发现儿子尸体发青，口鼻确实有血水流出，联想到儿子死前双手不断在胸口乱抓的惨状，开始怀疑儿子是中毒而死。喻氏叫来儿媳小白菜盘问，小白菜一口咬定丈夫是痧症致死，并无别事，但她惊慌的神色反倒令人更加起疑。
当下，喻氏与众亲友商议，决定请官府前来验尸，如果不是中毒就入殓出殡，如果是中毒致死就追究凶手。喻氏为此请来了仓前镇地保王林。王林查看过尸体后，也认为是中毒迹象，支持喻氏告官。当晚，喻氏火速请人写好了呈词。呈词中只说葛品连死因不明，请求官府验尸，并未提及其他人。次日一大早，便在王林的陪伴下向余杭县衙递交了呈词。
余杭知县刘锡彤接到呈词后，立即叫来门丁沈彩泉和仵作沈祥，准备带领一班衙役前去王心培家验尸，看是否是凶杀案。就在众人正要出发的时候，应约来给刘锡彤看病的陈湖（竹山）到来。陈湖与刘锡彤是无话不谈的密友，刘锡彤便对陈湖讲了葛品连之死蹊跷。陈湖听了，顿时如获至宝地兴奋起来，大谈街头巷尾听来的关于葛品连妻子小白菜与新科举人杨乃武的风流韵事。
这陈湖本是个秀才，因为懂得一点医道，时常到县衙给人看病。他平日就已经与杨乃武不和，还曾经被杨写诗骂过，早就怀恨在心，而杨乃武又新中举人，更令他妒火中烧，这下可逮着了机会，便不遗余力地诽谤杨乃武，恨不得要将小白菜与杨乃武那点捕风捉影的传闻说成是真的。又提到当时葛品连为避嫌疑搬离杨家，从此夫妻失和，一次打架后小白菜还要出家。又说葛品连年纪轻轻，竟然暴死家中，内中肯定另有别情，街坊邻居都认为是杨乃武与小白菜合谋下毒。
陈湖一番绘声绘色的话，令刘锡彤兴趣大起，不断追问更多细节。陈湖也滔滔不绝，添枝加叶，知道的不知道的都往外倒，只求能扳倒杨乃武。二人的谈话从早上一直持续到中午。
陈湖走后，刘锡彤带着一干人赶到王心培家。第一眼见到“美而艳”的小白菜，刘锡彤就留下了轻佻放荡的印象。待再看到矮胖的葛品连尸体时，心下对陈湖讲述的潘金莲、武大郎、西门庆的故事又相信了几分。这潘金莲是小白菜，武大郎是葛品连，西门庆当然就是杨乃武了。
当时天气正热，葛品连的尸体已经开始腐烂发臭，全身变为淡青色，尚未完全僵硬；肚腹开始水肿发胀，有十多个大水疱；口鼻内有淡血水流出，直入眼耳。当时法医检验均以宋代著名法医学家宋慈的《洗冤录》为准绳，《洗冤录》中记载死者中毒后的特征是：“牙根青黑，七窍流血，嘴唇翻裂，遍身小疱。”葛品连尸体症状明显与《洗冤录》中记载不符。
仵作沈祥随即将银针探入尸体咽喉，银针立即变为青黑色。抽出银针后，用皂角水擦洗，青黑色并不消失。这一点，却是符合《洗冤录》中“用银针刺喉，银针变暗擦之不去”的记载。
［古代说的毒药主要是指剧毒的砒霜，成分为三氧化二砷。从化学原理上来说，银的金属性质稳定，与三氧化二砷是不能起反应的。也就是说，真正致人死命的纯净砒霜是不能使银变黑的。但古代的生产技术落后，致使砒霜里都含有少量的硫和硫化物杂质。而恰恰是这杂质中的硫与银接触后可立即起化学反应，在银的表面生成一层黑色的硫化银。而在实际生活中，有些东西并没有任何毒性，却含有硫，比如鸡蛋黄，因而用银针插入蛋黄也会变黑。而一些剧毒但是不含硫的物质，如农药、氰化钾、氰化钠等，却不能使银针变黑。当然含硫的物质中也有一些是有毒的，如亚硫酸钠。因此单凭银针来验毒实际上是有很大局限性的。］
因为两种症状互相矛盾，仵作沈祥一时也不能确定死者到底是不是中了砒霜，便想起来自己曾经验过的一个吞食生烟土而死的死者状况与此类似，便含含糊糊地说葛品连是中了烟毒。而门丁沈彩泉因为从旁听了陈湖的长篇大论，先入为主地认为葛品连是中了砒霜剧毒，认定是沈祥搞错了。二人争论了一会儿。沈彩泉是知县身边的红人，沈祥见他坚持说死者是中砒霜而死，料到必有深意，便识相地让步了，改口向刘锡彤报告说死者是“服毒而死”，不过并未明确指明是烟毒还是砒霜。
刘锡彤一听“服毒”二字，立即想到陈湖说过的小白菜与杨乃武合谋下毒的事，便传讯原告葛品连母喻氏，问她死者之前吃了些什么，饮食由谁负责。喻氏说了大致情形，说儿子死前只有儿媳妇小白菜在跟前服侍。此刻，刘锡彤更加肯定小白菜就是凶手，命人把她叫来，直接要她交代毒死丈夫的实情。小白菜对天发誓，矢口否认。可无奈知县大人根本就不相信她，只命人将她带回县署审问。
可怜的小白菜就这样莫名其妙地身陷囹圄。不过，她虽然惊惶，心中并没有绝望，她认为她没有下毒杀夫，事情很快就会弄清楚。只是她没有想到，她这一次进大牢，一蹲就是三年，而且这期间经受了种种酷刑，情状之惨烈，难以形容。
当然，她更没有想到，因为一纸酷刑逼供的供词，她将她仰慕敬重的男人也卷进了这场奇冤大祸。
叁、刑讯成冤
刘锡彤将小白菜带回县衙后，先吃过午饭，稍事休息后，立即升堂审案。他早有成竹在胸，认为很快就能破这起奸夫淫妇下毒谋害亲夫案，因而一上来就威逼小白菜交代毒死丈夫的情形。小白菜大呼冤枉，坚称自己毫不知情，既不知道丈夫是服毒身死，也不知道毒药从何而来。
刘锡彤审问了一个下午，案情依然毫无进展。他有些着急起来，终于忍不住直接问起小白菜与杨乃武的关系来。其实，杨乃武才是他最最关心的主题。他虽然年近七十，年纪老迈，可并不糊涂，如此迫切地将传闻混同于事实，急不可待地要将杨乃武扯进来，只因为他跟杨乃武早有宿仇在先。
刘锡彤，天津盐山人，道光丁酉科顺天乡试举人，之后多次会试不中，只好在地方上当了一名小官。他最早在余杭城外的关卡任税吏，是个九品小官，品级不高，但却颇有实权，掌管着来往客商的船只课税。他借着职务之便，经常对商人横征暴敛，大行敲诈勒索之事。当时杨乃武还是个秀才，因为富有正义感，生性好事，平日看到地方上不平之事，总是好管多说，伸张正义。他对刘锡彤的所作所为很是看不惯，一直想找机会教训一下对方。