两百多中国水兵再次兴冲冲去妓馆时，遭到了日本数百名警察和浪人的伏击，还好李经述让北洋水兵们带了武器，双方一场混战，北洋水兵死1人，伤47人，另有二人失踪，日本警察那边死8人，伤200多人。
黄昏，鎏金边的晚霞烧红长崎港的天空，李经述、琅威理带着“定远”舰全体官兵，站在甲板上，向遇难的那位水兵悼哀，脱帽致敬。礼毕，李经述问琅威理，英国人如果遇到这种事，会怎么做？
琅威理告诉李经述：“按国际惯例，死了士兵，可以跟日本人开战了！”
李经述说:“中日若为此事开战，英国海军站在哪一边？”
琅威理毫不犹豫地说：“我保证是中国。我建议北洋水师立即和日本国开战。”
李经述点点头，又询问了美国顾问马吉芬，中日开战，美国海军支持哪一国？得到的答案是支持中国。于是，李经述命令“定远”、“镇远”两艘铁甲舰做好战斗准备，迅速升起八门重炮，填充好开花炮弹，黑压压的炮口瞄准了长崎警察局。
李经述给日本长崎警察局下了最后的通牒，要求二十四小时内，务必交出参与围攻中国水兵的凶徒，否则将日本长崎警察局轰平了！日本长崎警察局局长桥下一郎很气愤，回复说日本还死了八个人，中国怎么不交凶手？
北洋水师群情激奋，“定远”、“镇远”、“济远”、“扬威”四舰都迅速进入临战状态，褪去炮衣，将炮口对准了长崎市区。李经述大怒，站在“定远”号的甲板上，通牒时间一到，抽出腰间的指挥刀，大喊：“放！”
“轰隆”，“轰隆”，定远舰上的四门重炮同时开火，其他战舰也随后开火，炮口冒出了愤怒的黑烟，日本长崎警察局被开花炮弹击中，顿时陷入一片火海，值班的警察感觉到房屋剧烈摇晃，以为发地震了，赶紧逃命！
李经述带领五百北洋海军，迅速占领了日本长崎市政府。这是明治维新以来，日本本土第一次遭受中国的军事攻击，当年美国的佩里将军带军舰到江户湾，也没这么干！这也是日本有史以来，本土第一次遭受中国的重炮攻击。这时的长崎港风平浪静，这弹丸岛国再也没有元朝蒙古军队当年远征日本时那样的“神风”护佑。明治天皇的内廷收到这个消息，顿时炸开了锅。
主和派的日本首相伊藤博文和主战派的农商大臣西乡从道，吵得面红耳赤，当着天皇的面都快打起来了。日本政界当时主站派的人物以大隈重信和西乡从道为首。西乡从道就是1874年带领三千日本生番去攻打台湾的家伙。大隈重信1838年出生于日本肥前藩佐贺城，其父是佐贺藩炮术长，是个贵族，享有很高的俸禄，他少年时就接触过荷兰宪法、美国独立宣言，成为一名胸怀立宪思想的青年，他的青年时代正赶上明治维新的不稳定期，他推动佐贺藩加入了“尊皇倒幕”运动，还于1874年推动自由民权运动，提出设立民选议会的激进方案，结果，在1881年，伊藤博文秘密联合政府中的萨摩、长洲系官僚、皇室公卿，于明治十四年发动政变，将大隈重信搞掉了，此时主战派就西乡从道，他极力要求和中国立即开战！
而1886年，伊藤博文已成为明治天皇的头号大臣，他劝说明治天皇：“现在日本海军可战之铁甲舰只有四艘，尚不及中国一半，而且内政改革迟缓，以往与英美签订的不平等条约依然存在，束缚了日本经济的发展，日本宪法也刚刚起草，须再等上十年，国力强盛，方可与中国一战。”
西乡从道反驳道：“中国明显在挑衅日本，陆军军部大臣井上恒一说军部都已经做好了战斗准备，不向中国开战，他就退出内阁。东京和长崎的爱国武士们极为愤怒，这是日本大和民族的奇耻大辱，要不对中国开战，他们就到宫外集体破腹自杀。”
伊藤博文赶忙反驳说，“小不忍乱大谋，求死只是匹夫之勇，知耻而后奋起才是真英雄！”
要是这事发生在国内，伊藤博文早被国人骂是大汉奸了，但已过而立之年的明治天皇，对伊藤博文依然很信任，摸着自己浓密的三羊胡，赞同他的意见。因为明治天皇也知道，日本海军现在不行，他理智地选择了屈辱求和，派头号大臣伊藤博文去长崎，跟李经述议和。
此时，李经述已经派了一千水兵登陆，占领了长崎市的政府大楼，对长崎实行军事管制，命令长崎的警察立即抓捕杀害北洋水兵的凶手。李鸿章在得知李经述汇报的“长崎事件”后，对李经述的行为也表示支持，随即愤怒地召见了日本驻天津领事波多野，不无威胁地对波多野说：“如今中国兵舰充足，开启战端，并非难事”。
伊藤博文接到日本驻天津领事波多野的电报，便以日本政府的名义，给李经述发去电报，对遇难的北洋水兵表示极大的哀悼，说长崎警察局和日本浪人仇视中国人，并不代表日本政府的立场，日本政府很愿意对死去的北洋水兵赔偿抚恤金，伊藤博文还找英美两国的驻日大使帮忙，从中调停，斡旋中日进行和谈，恳求中国低调处理“长崎事件”。
李经述不太想和日本人和谈，想直接把军舰开到东京去，接到伊藤博文的求和书，便电报请示主管外交的李鸿章。