随着时间的流逝，人类不断的发展，所占的地域也不断扩大。再加上人类的魂师需要魂环魂骨等必需品，而新魂兽虽然有些和人类共存，但是大多数还是自由的生存。生存受到威胁，魂兽和新魂兽双方联合了起来，对人类发动了一场战争。在这场战争中，人类一开始由于内部争斗不断，所以节节败退。终于，有人类找到了一座神灵传承神殿。第二座、第三座，人类中的精英魂师都接收到了神灵的传承，引领着人类和魂兽以及新魂兽展开大战。就连大陆都被打碎了了一角，终于，三方高手死伤惨重，各自退去。但是，这一战却给斗罗大陆的环境造成了严重的损坏，以至于大陆的整体平均天地元气浓度下降，这就导致了人类魂师修炼速度下降、天赋好的魂师变少，没有魂力的人越来越多。
尽管魂兽和新魂兽失败了，但是人类也不敢彻底灭绝他们，也没有那个能力。魂兽和新魂兽两方最后联合到了一起，不分彼此。人类内部，在第二次魂兽大战后不到百年，原本的联盟再度解散。这一次，人类内部的大小势力更多了。在恢复了一些元气后，人类内部开始了互相征伐。战乱不断让平民需要信仰，那些曾经有过神灵传承的封号斗罗的后代们乘此成立教会。从此，人类内部开始了真正的教会时代。在教会时代中，没有国家，只有教会。最高统治者自然是教皇，互相间的战争也是打着征伐异端的口号。魂师成为了教会的主要人员，渐渐地成了一种高人一等的身份。教会时代中，几次人类内部近乎统一，但是都没有真正完成。最后一个名义上的人类统一信仰的教会，是光明教会。不过光明教会虽然统治时期虽然以教会为尊，但是人类内部还有许多公国，是封赏有功的魂师的。在教会时代末期，教会内部的腐败让人们终于失望了。神灵不显，教会的存在自然不被人们所认同。各方起义接连不断，终于推翻了光明教会的统治。不过人类并没有建立一个统一的国家，而是成立了大大小小的国家。这也给了原本光明教会的核心成员蛰伏的机会，后来几经战乱，人类终于进入了相对和平的时期。大陆上，除了一些宗门和不大不小的组织外，还出现了一个专门为魂师服务的势力，那就是武魂殿。至于大陆上的国家，一共有两个，分别是星罗帝国和天斗帝国。两个帝国并存，相互敌对却表面上平和。实际上，两个帝国内部也有大大小小的势力，更有一些独立性较强的公国。
天斗帝国内，青龙大山脉深处，一座宏伟的城堡坐立在这里。城堡的大门口上有一个牌匾，上书“青龙门”三个大字。青龙门，传承几十万年而未曾断绝的古老势力。很少插手大陆上的国家纷争，但是到了人类生死存亡的时刻或者天下大乱的时候，总会有青龙门的人出来引领人类。不过随着上一次青龙门的人的名字响彻大陆，已经过去三百多年了。随着时间的流逝和新兴势力的崛起，青龙门的种种传说渐渐淡出了普通人的视线。
青龙门密室内，一个三十多岁的男子正低着头面对着一位七十多岁的老者。“逆子！你可知罪！”老者忽然大喝道，男子的头又低了几分，沉默不语。老者叹了口气，指着男子说道“你呀你，我早就告诉过你千寻疾不是什么好东西，你可倒好，还看上人家的学生了。你说你都多大了，啊！”“我喜欢小东。”男子低声说道，“然后呢？你觉得你能给她什么？她的天赋很好，双生武魂，还能修炼至今。我青龙门传承数十万载，遇到的没有几个。年龄到不是问题，但是青龙门内门门规最重要的一条是什么？必须在保证本门隐世的条件下娶妻生子。那个比比东，早晚要担任武魂殿的要职的！”老者苦心劝说着，男子却忽然抬起头大喊道“可是门规是死的，人是活的！”“你住嘴！我青龙门传承至今，靠的就是谨守门规，这才渡过了一次又一次劫难，那些盛极一时的势力有多少？现在还存在的有几个？你给我在这里好好反思！”老者说完转身离开
武魂殿殿主大婚，大陆上的两大帝国和大大小小的势力都来庆贺。不过在婚礼上却出现了不和谐的一幕，有人来搅乱婚礼。“千寻疾，你这个畜牲！”来的人正是那青龙门的人，“呵呵，木星海，我千寻疾明媒正娶，干你何事？”那千寻疾似乎早就知道木云星海要来，木星海看着千寻疾得意的样子，恨得是咬牙切齿。他转头问比比东“小东，你要是不愿意就说一声，我带你走，没人拦得住！”却不想比比东冷冷地看着他说道“我是自愿的，你给不了我想要的，今天是我大喜的日子，你要是来庆贺我欢迎，不然的话请你离开。”木星海死死盯着比比东的脸，想要从中看出一丝不情愿的表情。可惜，最终木星海只能独自离开。
半年后，青龙门秘境。老者看着眼前渐渐消失的封印，喃喃道“封印消失了，最后一道神谕也即将显现，我青龙门的使命马上就要结束了。”老者此刻竟然有些轻松，想想也是，一个数十万年背负着的使命，一代又一代人传承下来，已经成了一个负担。青龙门分为内外两门，外门的人都在大陆上有自己的生活，只有内门的人生活在这里。然而，除了青龙门的魂斗罗及以上的强者，内门生活的只有木云一家不到十口人。这才是青龙门真正不显于世的真正原因，封印之地的上好环境在这里生活的人身体健康、修炼速度加快、生下来的后代天赋良好。但是，却大大限制了这里的人生育后代的数量。虽然不至于一脉单传，但是也绝对不会同时期新生三人以上。
封印消失，其中传出了一阵龙吟声，在这里生活的人都清清楚楚的听到了。很快，那老者赶到封印之地，准备接受最后一道神谕。老者低着头半跪在地上，神情十分的虔诚。过了一会儿，老者忽然抬起了头，表情有些惊讶。不过毕竟经历过不少事情，很快就平静来下来，接着他招来在内门的所有人，将自己所得到的神谕传了下去。接着，这里的人都离开了。在离开前，老者亲手讲着城堡埋葬在了地下。