科学的过渡阶段往往伴随着残酷的否定阶段，不管是什么养的科学种类都逃不过这个环节。
达尔文进化论是19世纪中叶，达尔文创立了科学的生物进化学说，以自然选择为核心，第一次对整个生物界的发生、发展，作出了唯物的、规律性的解释，推翻了神创论等唯心主义及形而上学在生物学中的统治地位，使生物学发生了一个革命变革。
在文艺复兴以及思想启蒙之后，现代科学的理性思维已经建立起来。达尔文的时代是十九世纪中后期，正是走出蒙昧，提倡科学的前一阶段，在思想和理性上，为达尔文创立自然选择进化论提供了思想依据。而青年时的远游，则为他积累了大量的实据，引发了他关于物种进化的思考并最终形成一个完整的体系。不可否认，由于当时科学不太发达，进化论存在理论缺陷，可随着科学的不断进步，进化论已经发展成现代综合进化论了。
其实反对进化论的目的只有一个——引出神。现在这些反对进化论人士已经很隐晦了，不直接说神造，而是智能设计论，可物种如何出现的问题只有两种可能，一是自然演化，一是被创造。即使我们地球的生命是被外星人创造的，那么外星人从哪儿来依然是一个问题，依然存在是进化还是被创造的问题，因此，考虑宇宙中的生命，依然只存在自然演化与被创造两种可能。
否定了进化，即自然而然地引出了创造者，如果创造者是外星人，那么这个问题没有得到根本解决，因此，最终只有引出神造，才是根本目的，神在宗教那里是不需要被创造的，这也是为什么反进化论者基本上为宗教人士的原因，而创世说无论以何种名义作掩饰，都不会为科学研究增添丝毫有价值的东西。
生物之间存在着生存争斗，适应者生存下来，不适者则被淘汰，这就是自然的选择。生物正是通过遗传、变异和自然选择，从低级到高级，从简单到复杂，种类由少到多地进化着、发展着。
物种是可变的，现有的物种是从别的物种变来的，一个物种可以变成新的物种。这一点，如今早已被生物地理学、比较解剖学、比较胚胎学、古生物学和分子生物学等学科的观察、实验所证实，甚至在实验室、野外都可以直接观察到新物种的产生。所以，这是一个科学事实，其可靠程度跟“地球是圆的”、“物质由原子组成”一样。在今天，除了少数由于宗教信仰狂热而无视事实的人，实际上已无生物学家否认生物进化的事实。
所有的生物都来自共同的祖先。分子生物学发现了所有的生物都使用同一套遗传密码，生物化学揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性，最终证实了达尔文这一远见卓识。所以，这也是一个被普遍接受的科学事实。