可是孙元化最终还是失望了，虽然叛军到达邓州城下之后，并未发动猛烈攻势，双方仅保持着小规模的交战态势，可以说各有损失，但是损失又都不算大。
这样的对峙状态并未维持多久，城中镇守东门的耿仲明以及陈光福等将，最终还是念及和孔有德李九成等人的旧情，率部打开了东门，里应外合，将叛军迎入了城中。
叛军在李九成和孔有德的率领下，一拥而入，和城中部分山东兵发生了一些激战，可是城中那些东江旧部，却在看到叛军入城之后，立即便纷纷倒戈，开始四处屠杀城中的山东兵将还有那些城中曾经给他们受过气的士绅百姓，甚至连市井小民，也成了他们报复的对象。
一时间登州城之中哭嚎声冲天而起，叛军军纪败坏到了极点，抢劫的，杀人的，淫辱女人的，放火的比比皆是，大街上几乎布满了伏尸，甚至连一些小孩儿都没有能幸免于难，也被叛军屠杀。
城中不肯投降的官军仅仅抵抗了不久，便宣告失败，漫说是那些东江旧部和辽东人了，就算是许多本地的山东兵还有本地人，为了活命，也不得不放低姿态投靠了叛军。
总兵张可大眼看城池失守，当即杀了自己的妻妾，然后在城中的家中自缢身亡，算是为大明尽了忠。
但是孙元化却最终还是落在了孔有德和叛军之手，原因也正是于孝天预料的那样，他受到天主教的教义所困，一时间不好作出决定，到底是该自杀以表忠心还是按照教义不自杀。
也就是犹豫之间，叛军已经攻入了他的巡抚衙门之中，迅速的将他的家丁和家仆杀的杀，抓的抓，并且控制住了孙元化，同时还抓住了不少当地的官员。
孔有德和李九成一方面也算是念在孙元化往日待他们不错的面子上，一方面也因为并不想把事情闹到太僵的地步，毕竟孙元化乃是一个巡抚，杀掉孙元化，就等于彻底把事情闹到了无法收场的地步，也绝了他们今后可能被招安的后路。
如果他们杀了孙元化的话，就算是他们以后接受朝廷招安，但是弑杀朝廷重臣这个罪名，他们还是承担不起，朝廷可以免去他们手下的罪责，但是绝不会放过他们。
故此虽然他们抓住了孙元化，但是却并未杀掉孙元化，而是对孙元化等官员还算是善待，并且试图劝说孙元化也投了他们，他们愿意扶孙元化为王，利用孙元化的声望，在登州先立起一国，作为跟朝廷谈判的本钱。
可是孙元化到底还算是相当有骨气的，虽然李九成对其威逼利诱，可是他并未答应李九成和孔有德的提议，坚辞不授，并且怒斥李九成，想要让李九成杀了他。
可是李九成虽然很是愤怒，可是也没敢就此杀掉孙元化，只能先把孙元化关在城中，善加对待。
而这次叛军攻下登州城，除了收编了登州城内过万的官军之外，还获得了红夷大炮二十多门，包括那些弗朗机炮术教习也被抓了几个，另外还有各种轻型火炮旧式火炮二百余门，起获城中原来作为军饷的白银十几万两，加之城中抄没出来的资财，还有几十万两，战马三千多匹，兵粮数万石，一下就彻底抖了起来，并且拥有了一个坚固的大城，可以作为他们的据点和基地。
除此之外，他们也占领了登州水城，因为海上冰封，登州水师的百多条战船都被困在岸边，三千多水军，也逃的逃，投敌的投敌，整个登州水师，也都成了叛军的囊中之物。
当然这些登州水师的战船，自然是没法和南方水师的战船相媲美的，这边的战船多是一些小船，就算是最大的战船，充其量也不过只有两百料左右，还是那种吃水浅的沙船，即便如此，这样的大船也没几条，多是一些仅能装载几十个人的小型战船。
可是即便如此，这样一支水师力量在渤海湾之中也不容小觑，建奴鞑子几乎没有战船可言，而东江镇那边战船不少，可是孔有德和李九成叛乱之后，马上便联络了东江镇那边以前毛文龙手下的旧部。
其中东江镇旅顺副将陈有时，广鹿岛总兵毛承禄等人纷纷响应，想要和孔有德李九成叛军南北呼应，自立一国，拥兵自重。
一时间整个东江镇那边，也乱成了一窝蜂，东江镇那边的叛军数量，也发展到了七八千人之多，几乎控制了半个东江镇还多，双方约定，只要开春海上的海冰融化之后，他们便准备合兵一处，共举大业。
所以一时间孔有德的叛军势力达到了巅峰，坐镇登州城之中，自称为都元帅，并且大肆给手下的军将封官，光是总兵官就拔擢了十几个。