九月十五，皇帝下旨，升永城知县孙传庭为兵部职方司郎中，从一个正七品升到正五品，这算是破格提升了，而且破得很厉害，不过大臣们对这样一个小官的提升倒是没有什么意见，而且皇帝是第一次要提升官员，总不能驳皇帝的面子吧，所以很顺利地通过了任命。
九月十六，工科右给事中惠世扬参方从哲十罪，说他独相七年，奉承郑贵妃，逢迎李选侍，结纳崔文升……共有十罪三可诛。方从哲立即出列，请求皇帝处罚自己，罢去首辅之位，朱由校挥手止住了他，让他回到队列中去。然后对惠世扬说：“尔为言官，言官论事，首先要秉持公心，对所论之事有详细的了解，怎么能以坊间传闻，再加上自己恶意的揣测，就来诋毁大臣，这样做有伤国体，朕不想再听到这样的言论。”将惠世扬搞得面红耳赤，谢罪后退了下来。
内阁又呈上辽东经略熊廷弼的奏章，他说自己身体不好，请求辞去经略职务，皇帝不准。
督饷侍郎李长庚上奏，辽地大旱，请求抚恤，皇帝准了。
九月十七，给事中姚宗文回朝，他上本参辽东经略熊廷弼，认为自其经略辽东以来，辽地边疆日渐减少，又不听取大家的意见，夸耀自己的成绩，应该锁拿回京问罪。
河南道御史顾慥也上本参熊廷弼，弹劾他出关一年有余，诸事没有规划；蒲河失守，隐瞒消息不上报；带着兵器的战士不用于作战，只用来挖沟；尚方宝剑在手不求有补国事，只是供自己作威作福。
接着御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇帝的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。
本来因为孙承宗那天的话，让朱由校觉得这个人应该不错吧。而现在这么多人一起攻击熊廷弼，没办法，皇帝只好把冯三元等人的奏章让大臣们讨论。
兵科给事中杨涟上奏，辽东经略熊廷弼，连疆警报连接不断，攻击他的言论也越来越多，既然不能集中精神对付建奴，就应该缴还尚方剑，回来待罪（边警日闻，人言屡至，暨不能全副精神誓清丑虏，即当缴还尚方，席蒿待罪不宜效）。而且他还提出，朝廷应当集思广益，找一个得当的人经略辽东，以后任命官员，要在任命之前仔细讨论，而不要在任命以后再议论纷纷。并请治李维翰，杨镐，李如桢丧师辱国之罪，以为后人戒。
这是朱由校第一次听这家伙说出一点有些道理的话，但对于前面要换掉熊廷弼的话还是没有答应。只是让大家继续讨论。
九月二十三，熊廷弼上奏为自己辩解，并请求罢官回乡。这时御史张修德又参奏他破坏辽阳城防，把个熊廷弼气得要死，只好又上书自白：“辽地现已转危为安，微臣却要由生向死了了。”随书还缴还了尚方剑，竭力请求将自己罢免。给事中魏应嘉又弹劾他以辞职要挟朝廷，宜严惩之。
朱由校一直由着大家争论，哦，不是争论，大家都觉得应该罢免熊廷弼，方从哲倒是说过此时不宜换人，但很快在大家的攻击声中偃旗息鼓，这样一来，反对熊廷弼的人越发多了，连内阁里面的刘一燝和韩爌也加入进来，他们说，这么多人攻击熊廷弼，即使是为熊廷弼个人考虑，也应该让他暂时退职，这样才能体现皇上对臣子的体恤。
这话倒也是说得有道理，自己如果一直坚持不罢掉熊廷弼的经略之职，压力最后还是在熊廷弼身上，对他的也攻击会越来越多。上次孙承宗对熊廷弼倒是持支持态度，但他的看法就一定正确吗，就连孙承宗自己也说过对辽东现在的局势不了解呀。大家都说熊廷弼如此，难道都是错的？熊廷弼就没有问题？自己这样坚持，会不会其实是错误的呢？
这样一想，他就同意了熊廷弼的辞职，经过群臣推荐，以现辽东巡抚袁应泰为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，经略辽东，历史又回到了老路上。袁应泰接旨后上奏自己能力有限，恐怕会误了国事，不敢任辽东经略，大臣们不干，都觉得他行，所以皇帝下旨不许他推辞。