第三天杨光夔将奏折呈了上来。这次倒是只有一种意见：一队十一人，设队长一名，伙夫一名，三队为一旗，设旗总一名，三旗为一司，设百总一名，并有炮兵二十名，带虎蹲炮六门，灭虏炮两门。三司为一局，设把总一名，三局为一营，设千总一名，军法官一名，并有炮兵十五人，带重型佛郎机炮三门。一营共一千一百二十六人。
基本上是参照戚继光的编制来的，朱由校不想要这样的编制，于是找来杨光夔几个，重新提要求，最后就成了这个样子：一队十一人，设队长一名，三队为一旗，设旗长一人，副旗长一人，三旗为一司，设司长一名，副司长一名，军法官三名，并设一伙夫队共十人，医官一名。三司为一局，设局长一名，副局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，信号员三名，一营共一千一百人。
至于炮兵，则是建专门的炮兵营，一队十三人，带三十斤虎蹲炮六门，设队长一名，三队为一旗，设旗长一名，并加百斤灭虏炮六门（二十四人），三旗为一司，设司长一名，副司长一名，教官一名，并加重型佛郎机炮六门（三十六人），三司为一局，设局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，军法官一名。一营共二千零八十五人。
至于骑兵，也是按照步兵的编制组建骑兵营。
然后就是辎重营，这个以前是没有的，但朱由校觉得这个很重要，所以将京营青壮挑选后，体质稍差的转为辎重兵，编制很简单，十人一队，设队长一名，三队为一旗，设旗长一名，军法官两名，三旗为一司，设司长一名，三司为一局，设局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，一营共九百零五人。辎重营有的是分配在炮兵和骑兵中的，一个炮兵司分配一个辎重司，一个骑兵局分配一个辎重司。也有的辎重营是单独成营，负责弹药粮食的运输。
无论哪一个兵种，全体兵卒都必须练习短枪刺法和火枪用法，炮兵和辎重兵也不例外。
各个部队中的医官，由京营选人，要求是识字灵活，集中到京营中由太医院抽调年轻太医来教授简单的医护方法。王承恩作为皇帝的代表充任了教授，主要教授医官如何根据血流颜色急缓来止血，如何包扎伤口，特别叮嘱，一定要用煮沸后再晒干的布条进行包扎。然后兵卒要多洗澡，驻地必须修好茅房，医官要负责制订好卫生条例。朱由校至少还是知道动脉出血和静脉出血的区别的，也知道感染害死的人应该比直接死在战场上少不了多少，传染病害人那比战场厉害多了。他所传授的这一些小常识，医官掌握了，再教给士兵，在战场上那就能救活很多人。
朱由校是一个唯制度论者，前世有人说制度重要，但执行制度的人更重要。他倒不这样看，他认为，好的制度，应该是保证其能持续执行的制度，但现在制订之初，那就只能靠自己来保证执行了。最后他对各位将领做了一个总结发言：“朕想要让兵卒做梦都要按条例来，这样的军队，才是真正的能战的军队。朕相信，各位跟随朕要建立的就是这样一支雄师。”
大家一起用翻手礼向他敬礼，大声叫道：“一切为了大明，一切为了皇上。”朱由校回礼：“一切为了大明。”
朱由校倒是说到做到，一有时间，他就会来京营看操练。士兵们一直都在练短枪，一个月里，少数人已经能做到喊哪刺哪了，大部分还不能做到。他命令做到了的士兵都赏一枚刺杀一级勋章，勋章用铁做成，一个小小的圆形，中间是一把刺刀的样子，下面有一个阿拉伯数字1.
他又让获得勋章的士兵给其他的士兵讲述，自己是如何做到的，并且帮助他们提高，这样做效果很好，更多的士兵掌握了刺杀技巧。两个月后，所有的正兵都获得了刺杀一级勋章。