这时，孙承宗出列，表示愿意去辽东亲自视察，看谁的方案更符合实际。朱由校本来已经决定要用王在晋的方案，但既然孙阁老自己要去，当然不好打击他的积极性。
今天还有更重要的事，就是西南策略问题。在解围成都后，秦良玉和鲁钦攻克二郎关、佛图关后，会合了南坪关的白杆兵，收复了重庆，杀死贼将张彤。然后又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，一直攻到永宁，奢崇明兵败逃往水西，天启元年十二月，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。
平乱后，朱燮元秦良玉鲁钦等人都上了奏折，从奢崇明叛乱的起因，过程到最后的处理方案，都提出了自己的看法。三人一致认为，奢崇明叛乱，固然有其野心膨胀的原因，但当地官员对土司盘剥过甚，却是引起叛乱的最重要的原因。
至于事后的处理，三人倒都认为应该改土归流，只是具体作法有些分歧。朱燮元和秦良玉认为应该以安抚为主，保留土司的部分权力然后设置流官。而鲁钦则认为应该将参与叛乱的土司全部杀死，然后设置流官，这样才能长治久安。
朱由校将三人奏折先交给内阁讨论，大家都对鲁钦的方案嗤之以鼻，认为大明一直以仁义待边民，讲究仁恕之道，怎么能够杀光土司呢？
朱由校其实很支持鲁钦的看法，因为他想到了后世的民族政策，如果摧毁了土人的上层建筑，那下层土民就会好管得多，一味的仁义，只会助力那些人的嚣张气焰。
于是他将奏折在早朝上让众大臣一起讨论，结果大多数人都认为朝廷应该行仁义之举，只有几个大臣认为应该对参与叛乱的土司们给些惩罚，以儆效尤。
这时却有个刑部郎中的看法与众不同，他站出来说道：“陛下，微臣觉得，如果宽恕了那些土司，不啻与鼓励别的土司造反，所以绝对不可以如此。臣认为所有参与了叛乱的土司都应该杀死，并将其抄家灭族，将其家产收归朝廷，对没有参与叛乱的土司给予一定的嘉奖，这样才会让他们明白以后应该如何作才对。”
朱由校大喜，就将这个叫洪承畴的刑部郎中提升为刑部员处郎，任命其为钦差大臣，赐他尚方剑，前往永宁处理改土归流事宜。并命周遇吉带一个炮兵营和一个辎重营随洪承畴前住，因为奢崇明虽然基本打残了，但安邦彦可还跳得很欢呢。
洪承畴动身之前，朱由校召见了他。两人就官吏盘剥和降而复叛这两件事进行了深入探讨，朱由校认为，只有死了的叛乱者才是好的叛乱者，当然杀完他们后也要杀几个贪官来取信于当地土人，让以后的流官知道土人也不是能随便剥削的。并让洪承畴带口谕给四川巡抚，要他准备好流官，等洪承畴清理完后迅速安排下去，将永宁安抚好。