然而朝会开始大家见礼以后，朱由校还没让毕自严出列，孙慎行却先出列上书要求严惩“红丸案“首恶李可灼、方从哲罪，认为李可灼当斩，方从哲应该革职，而刑部尚书王纪与侍郎杨东明也建议逮捕李可灼、崔文升，并削方从哲官，令其还家。
朱由校大怒，上次要办学校的事孙慎行就百般阻挠，而审问熊廷弼时王纪明显偏袒的行为也让他很不高兴，而且自己早就说过前面各案不用再提，这几个人偏偏要触霉头，于是怒道：“红丸案早有定论，李可灼和崔文升早已惩罚，为何诸卿总是要计较于这些呢？”
孙慎行却是不惧：“陛下，李崔二人确实已被惩处，但太过宽容。而方从哲则是罪魁祸首，却一直立于朝堂，且继续为首辅，这事天下人不服。”
朱由校气极反笑：“你就是天下人吗？你说天下人不服，那朕倒要看看，有哪些人不服。诸位臣工，可还有觉得方从哲应该罢官的？”
韩爌，左光斗，赵南星，魏大中、袁化中、周朝瑞、顾大章都站了出来，同声道：“臣以为方从哲应该罢官。”站出来的都是东林党人，不过奇怪的是，做为次辅的中叶向高和一直为东林急先锋的杨涟倒是没有出声。
这就尴尬了，内阁阁员，吏部尚书，左都御史，礼科都给事中都站出来认为方从哲应该辞职，朱由校倒一时慌了手脚，愣着说不出话来。
徐光启站起来说道：“陛下，臣认为方首辅在红丸案中无有罪错，不应该罢官。”
朱由校这才反应过来，说道：“既然对此事诸位臣工有不同看法，那不如明日大朝会大家一起来讨论一下此事。”
于是此事暂时不再议，朱由校也没了兴致，草草结束了朝会。他心情很不爽，于是将阁臣及尚书们一起叫到云台问话。
他先开口道：“上次朕就说过，方首辅深体朕心，为朕肱股，不知今日为何又要驱首辅？”
攻击方从哲认为应该罢其官的这时在云台的就有四位：阁臣韩爌，吏部尚书赵南星，刑部尚书王纪，礼部尚书孙慎行，而剩下的叶向高，孙承宗都是东林党人，工部尚书姚思仁偏向东林党，除了方从哲本人，只剩下兵部尚书黄克缵，户部尚书徐光启两人与东林党无关。
皇帝问话出口后，方、徐、黄三人自然不会出声，而叶向高则开口道：“陛下，臣不敢言驱首辅，臣以为首辅在红丸案中处置得当，只是李崔二人确实处罚过轻，请陛下圣裁。”
从这话可以看出，叶向高其实是不同意王纪孙慎行他们的意见的。孙承宗也表示出相同的意思，这让王纪等人怒火中烧，眼睛瞪着孙承宗等人，象是要喷出火来。而徐光启和黄克缵也都赞同叶向高的话。