熊廷弼与王化贞被判了斩刑，暂时关押在诏狱中，等待秋决。而这时毛文龙上奏，愿意用自己的功劳抵消王化贞的罪责，请皇帝恩准，而这时其他大臣也都趁机上奏，为两人求情。
朱由校本来就要找个理由把这两人安排下，于是看到毛文龙的奏折后，发布了特赦令：赦免熊廷弼和王化贞死罪，但免去一切职务，改为充军蓟辽。
熊廷弼被充军到辽南，而这时杨光夔已经带着总参谋部来到了觉华岛，熊廷弼被直接送到觉华岛，成为了总参谋部的一名老兵，哦，不是，是新兵。这位老新兵戴着一条杠的肩章，来到总参谋部报到。
杨光夔带着所有的参谋们在大门口迎接熊廷弼，熊廷弼做势就要跪下，杨光夔急忙上前扶住了他道：“熊经略不必如此，小子怎么能当得了熊经略的大礼。”
熊廷弼坚持要大礼参拜，他说道：“世上万事万物，都应该有规矩存在，廷弼既然被发配到此，早就不是经略了，现在就是杨参谋长手下的兵，哪能不行礼呢？”
杨光夔拗不过这位老人，只好说道：“你既然是我近卫军中的兵，那就要按我近卫军的规矩来，军中见礼，不用跪拜，你行军礼就行了。”
旁边一名参谋上前给熊廷弼示范军礼，熊廷弼就按照他的样子给杨光夔敬了军礼，杨光夔回了礼，然后肃手请熊廷弼入内，熊廷弼坚持要杨光夔先进，两人僵持了一会儿，最后一起携手而进。
进了参谋部，杨光夔请熊廷弼坐了客座，熊廷弼倒是没有坚持，坐了下来。杨光夔道：“我等后学小子，盼熊经略，哦不，熊先生眼都盼直了。参谋部新设，圣上只说是总管全军，制定作战计划，小子是摸头不知脑，都等着您来主持的呢。”
熊廷弼面有得色道：“败军之将，何敢言勇，杨参谋长这话廷弼可担当不起。”
杨光夔向京师方向拱手道：“圣上说，参赞辽东军机，无人可以超过熊先生，要小子仔细地跟着您学呢！”
熊廷弼面色更欢：“不敢当圣上谬赞，廷弼在辽东这么多年，一直……”说到这里，突然反应过来，这哪里是赞扬呀，皇帝的意思是说他参赞军机出出主意还是不错的，但自己领兵作战那就不行了。
于是立即改口道：“一直都少有建树，年初更是遭遇广宁惨败，今日回想，固然有王化贞的原因在内，我自己又何尝不是多有错处呢。以后如能帮得杨参谋长一星半点，那也是廷弼的运气和福气。”
杨光夔很奇怪他前后转折太快，不过也没有多在意，既然熊廷弼答应帮忙，那自然是求之不得，当下就开始向熊廷弼请教。
熊廷弼明白了皇帝对自己的看法以后，心里懔然，自己已经不是辽东经略了，自己已是犯法当斩，皇帝法外开恩赦免才能苟活的，当日种种，尽数忘却了吧，尽心做好眼前的事，将建奴逐出边墙。
当下肃容道：”杨参谋长，廷弼觉得，参谋部要参赞军机，首先要的就是庙算，天文地理，敌军调动，都要先搞清楚，谋定而后动方是正理。“