十月，王梦熊奉福建巡抚之命前往澎湖，命令荷兰人尽快撤出澎湖，否则将不会得到贸易许可。荷兰人与中国打交道这么多年，知道退出去中国人依旧不会和他们贸易，于是决定用战争逼迫中国人屈服。
荷兰人首先攻击漳浦附近的六敖，被明军击败，又攻击圭屿等地，又遭败绩。只好退回澎湖，但他们骚扰沿海，抓捕沿海居民送到巴达维亚当劳工，福建巡抚南居益不胜其扰，只好将情况上交给朝廷，请求应对措施。
朱由校看完了折子后，陷入了沉思。荷兰人占了台湾他还是知道的，如果将荷兰人驱逐出澎湖，反而让他们占了台湾，这事划不来。
他对魏忠贤说道：”厂臣让人去京师大学堂传旨，让内阁阁臣和六部尚书去云台，并让人去近卫军，让营长以上的将军也去云台。然后去把炉子的事搞好。“
吩咐完后，他来到里面对张嫣说道：”你们今明两天就先住在这里，宫里太冷了，我要去商量事情了。“
张嫣道：”就让段姐姐在这里吧，我可以随皇上回宫，可以照顾皇上。“
王婉抢着说道：”不如两位姐姐都在这里，妹妹去照顾皇上吧。“
张嫣瞄了她一眼道：”那也好，只是皇后出宫不归只怕大臣们会说的。“
朱由校道：”没有关系的，这里算是行宫，你俩先住在这里吧，婉儿随我回去就行了。“
于是朱由校带着兴高采烈的王婉回到了宫中。他先来到云台，众大臣和武将们都来了，他让书记官将折子读了一遍，然后等大臣们说话。
然而大臣们还在权衡利弊时，鲁钦忍不住了，他站了起来，说道：”皇上，臣请求去击败红毛鬼。“
周遇吉和满桂也站了起来，周遇吉道：”区区千人竟然敢杀掠我边民，请皇上派我等前去杀敌。“满桂在旁边也连连点头。
朱由校笑笑道：”陆地猛虎，在海上能称雄否？“满桂于是不点头了，他一点水性也不识，想到要在海上住行，腿先就有了一些软。
方从哲这时开口了：”皇上，臣觉得可以命福建总兵官俞咨皋将荷兰人逐出澎湖，至于颜思齐之事，我大明还是以不参与为宜。“
叶向高接着发言：”太祖将日本定为不征之国，如果我朝竟然派人帮助颜思齐，那倭人就会来责问，只怕不美。“
黄克缵说道：”确实日本为不征之国，然万历年间，他们侵入朝鲜，虽然最终没有得逞，可这事我们还没有找他们算账呢。最好颜思齐能在日本打下一片地盘，让幕府颜面扫地才好。“