问卷中九成九的回答是应该免除官职，并且追究法律责任。而第三个问题则只有三成半的人对由南京法院审理这件案子有信心，理由是相信法院会尽职尽责地公平审理案件。但还有六成半的人认为，官官相护是古已有之，要想让法官尽职，只怕很难。而且最重要的是很多人认为，想要法院审理官员，会让法官心存畏惧，根本不敢真正地按事实来审理。
王承恩将调查结果报告给朱由校时，方从哲道：”那就先免去他们的职务，然后再交于法院审理。“
朱由校问道：”用什么理由呢？“
孙传庭奇道：”他们犯法了，这不就是理由吗？“
朱由校摇摇头道：”如果因为他们犯法而褫夺他们的官职，那还要法院审干什么？法院便是要判定他们是否参与到这样的事件中的，只有法院认定他们犯了法，朕才能褫夺他们的官职。“
孙传庭脑筋转了半天才明白过来，他不大确定地问道：”那以后陛下想要褫夺官员的职位，难道都要经过法院审理吗？“
朱由校笑道：”这是不同的。朕可以因为不喜欢他的施政方法而免职官员，可以因为他庸碌无为而免其职，可以因为他娶了个青楼女子甚至他笑得不好看而免其职，但如果说因为他犯法了而免其职，则需要由法官判定他确实犯法了，才能免其职。“
孙传庭这才明白过来，陛下查江南偷税这件事，还要捎带着把法院的权威竖起来，或者，陛下本来就是准备要把法院的权威竖起来？
徐光启在旁边赞道：”陛下圣明，既然有法，必须依法。此乃堂堂治国之道也。“
众臣自然又是不番马屁。朱由校道：”好了好了，众卿的意思朕知道了，朕还不是昏君，当然不会因为别人笑得不好看而夺其职。我们等着南方的消息吧。“
法院收到了厂卫递上来的证据，心里惶惶不安，急忙向京城大理寺汇报，请大理寺派人来审案。大理寺卿吴仁度回复道：”案发于南京，这本来就是南京法院所管辖的范围，你们自己审吧，我们派一个旁听法官来听审就行了。“
南京法院院长是原大理寺少卿王雅量，虽然名字中有雅量二字，却是一个刚正不阿的官员，所以吴仁度才把大理寺第二重要的法院交给他。他接到吴仁度的回话后，对着前来听审的陈胤丛苦笑道：”这算是赶鸭子上架吧。没退路了，只有干了。“
陈胤丛与他是同科进士，两人关系很好。听到王雅量这样说，便笑道：”有容兄，你不觉得这是一件好事吗？我们一直想要振兴大理寺，现在陛下把这个案子交给了我们，正好让我们把法律的威严展示出来，让大理寺和各级法院成为大明让人不可忽视的一股力量，让大家都来按法律办事，小弟觉得这是大大的好事呀。“
王雅量咬牙道：”这不是针对东林，只是针对枉法之事。老夫准备审完案子就辞职，免得受到攻讦。“
陈胤丛道：”来之前陛下对我说，我们执法之人，最忌有先入之见。我们只是审理官民违法之事，与党派无关。“
王雅量知道这是皇帝捎给他的话，他一直担心自己审案后，结果有利于东林皇帝显然不会