而毕自严接到下面的报告后，又急又气。按这上面的情况，大明的库房特别是地方粮仓几近于完全无用，九成的粮仓都是摆设。好在朝廷的大仓由朝廷直管，这几年吏员学堂的学生进了许多，厂卫在这方面的巡查极严，倒是没有太大的问题。
躲是躲不过的，朱由校还是看到了毕自严的报告。他气得大叫：”杀了，都给朕杀了，这样的蛀虫活着还有什么意义。“
阁臣们都面露难色，吴仁度鼓起勇气道：”陛下，大明自有法度，有些不够死刑的不能杀。“
朱由校怒道：”现在非常时期，朕觉得应该要加重惩罚，这样才能寒了这些贪官污吏的胆，以后他们想干坏事的时候会想一想前面的尸体。“
吴仁度犹豫半晌道：”陛下，刑罚世轻世重是陛下亲自废除的。“
象一盘冷水突然浇了下来，让朱由校愣了半晌。这时想起来，当时自己反对刑罚世轻世重便是因为知道前世的严打是没有用的，而事到临头，自己便被情绪所左右了，只想着发泄心里的怒火，震慑那些蛀虫，却没有考虑到这个问题。
他有些尴尬，看向下面的大臣们。大臣们都低着头，不敢看皇帝。过了一会儿孙传庭道：”陛下，您恨贪官污吏之心臣等感同身受，只是我们可以从别的方面来加强惩罚，比如没收家产时可以严一点？“
朱由校已经想明白了，笑着摇了摇头道：”既然有法律规定，那就按规定来吧。朕是太过于情绪化了，还是太年轻呀。“
众臣一片”皇上圣明“，坚决不同意他说的自己太年轻的结论。朱由校知道这是安慰，也不在意，挥挥手道：”从这个情况看来，仓库直管之事刻不容缓。朕和阁臣们商量了一下，州县库房均在银行开列户头，每一笔存入和取出的款项都必须经过银行。而至于粮食问题，乃是天下最重要之事，所以朕决定要成立一个粮食储存署，由农业部的陈侍郎来任署长，下面各州县粮仓都由粮食储存署来管理，不与各级官府之间有从属关系。众卿议一议，看看还有什么修改完善的地方。“
这下子只是多了一个署而不是部，但这并没有让大臣们放心。朝廷直管，实际上就是皇帝通过内阁直管，这样下去，内阁的权力将会越来越大，这对于有着明显派别倾向的大臣来说是一件好事，象拥护方从哲的齐党楚党浙党，象拥护叶向高的部分东林党人，他们至少还能争一争。但对于大部分没有党派归属的所谓中间人士，心里就会有些忐忑了。
不过没有人会不开眼到在这里反对皇帝已经决定了的事情，大家只是对这个粮食储存署的一些设置方式什么的小问题进行了讨论，倒确实提出了一些有建设性的意见。至于署长陈所闻本身并不属于东林党或者齐楚浙党，倒是没有什么人反对。