而后因为皇帝对传教士所携带来华的书籍感兴趣，使得天主教获得了喘息之机，朱由校甚至要求，只要天主教不反对中国人祭祀祖先，祭祀孔子，便可以让其在华进行传教。
金尼阁教士想了很多办法，终于说服龙华民教士放弃了对中国人祭祖祭孔的反对，然后又进一步游说教皇和各红衣大主教，终于在天启八年时获得了教会的批准，可以将《圣经》翻译成中文，可以用汉语进行圣事，可以准许中国的天主教徒祭祀祖先，祭祀孔子，父母逝世后允许行跪拜礼。但拒绝将孔子列为前圣，只是将孔子称为东方的先知。
这已经很不错了，所以有些儒家弟子对天主教的反对态度也就软化了下来，于是天主教便开始在京城附近开始传播。他们的传播方式与后世有很大不同，主要是在读书人中传教。因为读书人才会有闲暇时间，你去农民中传教，反而后妨碍农民的劳作，而后来他们用得比较多的象免费医疗之类的手段在大明并没有什么市场，因为大明正在进行医疗免费的试验，并且禁止教会加入到这一行列中来。
大明是读书人的天下，所以天主教才会尽力在读书人中传教。但大明大部分的读书人都更喜欢他们的那些书籍和奇怪的理论，反而对这种人死了再复活之类的东西不大感兴趣，而犹太人是天选之民的说法与很多读书人的华夏人最高贵的想法相抵触，所以效果并不是很好。
而这时候他们便将目标放在了近卫军中，近卫军中都开展识字运动，而且他们退役后也将是家族中重要的人物，如果能让这些人信教，那就能带动更多的人。上次皇帝派出美洲远征舰队时金尼阁便向徐光启提出了增加随军牧师的想法，但徐光启不想远征军中有太多变数，便拒绝了。现在徐光启觉得这是一个双赢的好事，便向皇帝提了出来。
朱由校想了想道：“这个倒也是可以试一试。但是先要约法三章：不得强迫士兵信教，不得任由信教士兵鄙视不信教的士兵，士兵受伤要作好抚慰，死亡的士兵作好安息仪式。平日积极了解士兵的要求，服从雇佣军的领导。总之，信教这事，应该出于自愿。如果教士与士兵出现不可调和的矛盾，那朕就会将教士逐出军队。”
徐光启道：“谢谢陛下大量。臣会将这些要求转达给大明天主教会，他们会选出适合于当随军牧师的人选的。”
孙承宗见是由徐光启提出的，而皇帝也已经同意，便也不再说话。天主教似乎在人死后有些安息仪式，正好雇佣军在外，若遇到伤亡，倒也有些作用，至于天主教想在大明成为大宗，这种可能性其实并不大。
卫俊如听闻要加入天主教随军牧师，不明白是怎么回事，便悄悄地询问孙传庭。孙传庭道：“不用管他们，你让他们自由传教，士兵们愿信就信，其实如果士兵信教了，你还好管一些。但绝对不能强迫信教，这一点你要仔细了，出现这种苗头，你就要立刻将教士赶回来，我们也要找教会的麻烦的。”
卫俊如这才放下心来，孙传庭道：“你们加紧训练，应该在这一个月内就要开往北方。对士兵们把情况说清楚了吧。”
卫俊如点头道：“都和士兵们说清楚了，大家都是退役的近卫军士兵，不愿意回家过那种田的日子，所以便有官员来招收加入雇佣军，尚书大人，谁会不愿意种田，这种说法蒙古人会相信吗？”
朱由校听到后笑道：“这个没有问题，近卫军中确实有些士兵只想当兵，而不愿意回家种田，而蒙古人抢劫成性，会非常理解这种想法，不会怀疑的。”
徐光启道：“在强盗看来，所有的人都是强盗。蒙古人宁愿作战抢劫，也不愿意在家安然放牧，我们的这种说法，他们会相信的。不过平日还是让士兵少与蒙古人接触，特别是那些平日比较老实的，别说漏了嘴。”