为此，专案组调查人员还差点与法租界巡捕房发生冲突，不过由于此时外国在中国已经没有了领事裁判权，法租界当局最好还是不得不同意专案组派人进入租界抓人。
应桂馨被抓住之后，专案组调查人员对他的别墅进行了搜查，却一无所有，这时其中一名警察灵机一动，从应桂馨小妾的嘴里套出了应桂馨的秘密藏物地点，专案组从一个藏在墙角洞穴中的小箱内，获得大量极其重要的信件与电报。令人吃惊的是，这些电报、信件竟与北平临时政府有关，牵涉到内阁总理赵秉钧、国务秘书洪述祖——此二人皆乃袁世凯心腹。由于事关政局，缉查此案的专案组不得不慎之又慎。但这些无可更移的确凿证据足以证明宋案确与赵秉钧和洪述祖有关连，且临时大总统袁世凯也有推脱不掉的责任与无法洗清的嫌疑。
专案组不敢擅自做出结论，将调查情况整理成卷宗上报道了总督府辖下的内政司警务厅厅长马博阳的手中，事关中国未来之政局，就连内政司司长宋世杰也不敢擅专，连夜带着马博阳一起来见萧震雷。
萧震雷此时还在工作，听程碧瑶说宋世杰和马博阳来了之后便接见了他们，几人坐下手，萧震雷问道：“你们这么晚了来见我，莫不是发生了什么重大事件？”
宋世杰向马博阳摆了摆头，马博阳便拿出公文包里的文件道：“总裁，宋教仁被刺一案的专案组已经查到了关键证据，事情涉及到北平内阁总理赵秉钧和国务秘书洪述祖！事关重大，我等不敢擅自将这个结果向外界公布，而且他们身为内阁总理和国务秘书，我们也没有权利派人北上抓捕，更何况袁世凯也有推脱不掉的责任与无法洗清的嫌疑！”
萧震雷闻言皱起了眉头，当随即又放松下来，问道：“调查结果属实吗？”
马博阳道：“我反复查看了案卷，发现了一些疑点，但这些疑点仍然无法推翻以上几人的重大嫌疑，我想让专案组继续更加深入的细致调查，但是民党那边催促甚急，所以??????”。
萧震雷没有说话，他点燃一支烟抽着，脑子里思索着，也许这是一个向袁世凯发动的最佳借口，宋教仁被刺之事已经让民党方面愤怒异常，一旦将这些证据公布出去，那么所有的矛头都将指向袁世凯，袁世凯在政治上陷入四面楚歌的地步，在政治上被孤立，在军事上又没有绝对强悍的武力保证，萧震雷有信心在半年之内解决老袁，在武力上解决老袁之后，不仅在政治上取得巨大胜利，在武力上无能可挡，这个时候提出收归权力于中央，全国还有哪个军阀敢于他对抗？
思索了一阵，萧震雷让马博阳先回去，留下宋世杰，他需要仔细权衡利弊，待马博阳走后，他立即打电话找来蒋百里，三人不仅在军事上，而且还在政治层面进行了一番探讨，认为完全可以以此次事件为借口向袁世凯发动战争，一举拿下袁世凯。
次日，萧震雷打电话给马博阳，通知他让专案组将调查得到的证据向外界进行公布。消息传出之后，举国哗然。孙文再也无法安心开办实业修造铁路了，宋教仁遇刺，凭直感，他觉得此案与袁世凯有关，于是他马上前往上海。3月25日他抵达上海，当天召开民党高层干部会议，认为“事已至此，只有起兵。因为袁世凯是总统，总统指使暗杀，则断非法律所能解决，所能解决者只有武力”。
宋教仁遇刺时，黄兴正在现场，当时一气之下，就想以同样方式予以还击，用暗杀手段对付袁世凯。后来冷静下来，觉得已是民国时期，国家进入法治时代，不能轻易动用武力，应按法律程序解决。
特别市府决定在4月25日依法对此案进行审理，然而就在审理此案的前一天，凶手武士英竟在严密的监护下中毒身亡。凶手目的昭彰，显系杀人灭口，以掩盖真相，干扰司法。本已明朗的案情急转直下，再次陷入迷雾与僵局之中。
当晚，专案组将将宋案案情侦查情况及相关证据通电公布。《民立报》、《国风报》、《国光新闻》、《庶民日报》等全国报纸闻风而动，纷纷发表文章，抨击北平临时政府，一时间，全国各地因刺宋案激发，变得动荡不安。
然后就在第二天，也就是4月26日，袁世凯不惜以五厘高息，与英法德日俄五国银行团签订了2500万磅的巨额借款合同，老谋深算的袁世凯似乎早就作好了动武准备，他一生所崇奉的一是贪诈，二是武力，贪诈不能解决的，便用武力。宋教仁倒下了，并不等于萧震雷和民党的瓦解与臣服，他知道孙文、黄兴等人一定不会善罢甘休。战事必不可免，同时他也想乘此机会，一举征服铁血党和民党控制的南方各省，一劳永逸。
应桂馨见武士英已死，便当场翻供，万般抵赖，与应桂馨电函往来的洪述祖逃入了青岛租界，专案组一时间又找不到赵秉钧的直接证据，洪述祖还在青岛租界中发了一个通电，说与应桂馨的联系，是假借内阁名义，只想毁坏宋教仁名誉，并无谋杀之意。赵秉钧便以洪述祖通电为据，将宋案推得一干二净，对于特别市府法院的传唤也置之不理。
既然法律解决不了，那么唯有付诸于武力了。
萧震雷得知消息之后立即联系孙文黄兴等人，经过紧急商讨之后，铁血党和民党联名通电称袁世凯为刺宋案罪魁之祸首，一国之总统竟然用如此下作之手段，实乃国之不幸，他当即宣布起兵讨伐袁世凯，消息传出后，南方各省纷纷响应，二次革命暴发。