及至灭宋，这种食邑制又被以改变了的方式推行到江南。元人称其为“江南户钞”。至元十八年（1281），将江南民户封与宗室诸王。受封的宗室包括太祖子弟、太宗诸子、拖雷诸子及其后裔，世祖诸子中则只封嫡不封庶。各封君所得户数比中原分封时有较大幅度的增加。其中拖雷诸子所得户数较中原封户增加近三分之一。户钞即按所封户数，每户五百文的标准从税粮中折纳交钞，再由官府向封君颁赐。同时，也将中原地区的五户丝数额由原来的每五户出丝一斤增加到每五户出丝二斤。到成宗时，户钞数额又由原来的五百文增至二贯。
成宗大德七年（1307），为世祖次子西平王奥鲁赤分拨了江南封户一万三千六百户；八年，为侄海山（元武宗，裕宗真金孙）分拨江南封户六万五千户，此属特殊情况，不属封地调整、分封之限。仁宗朝五户丝食邑有了较大变动。首先是皇庆元年（1312），对世祖的子孙进行了较大规模的江南食邑分封。其中世祖子爱牙赤、脱欢、忽哥赤、忽都帖木儿仿成宗朝封西平王奥鲁赤例，一律分与一万三千余户。裕宗真金（忽必烈子，成宗父）之孙也孙铁木儿（元泰定帝，真金长子甘麻剌之子）、湘宁王迭里哥儿不花（甘麻剌第三子）、魏王阿木哥（真金第二子答剌麻八剌长子，武宗、仁宗之兄）、武宗子和世竦等仿成宗封海山例，一律封以六万五千户。延祐占六年（1319），重新核查了五卢丝户的实际数目，并以这次核查的户数为准，重新造册，作为颁赐五户丝的依据，改变了一些封君封户数目大量减少却依然按原有户数享受五户丝颁赐的状况。
从草原到中原再至江南，诸王分封性质虽无大改变。
而方式却各不相同。主要表现在诸封君对封地的控制权受到了越来越多的限制。同草原封地领主可直接治理相比，中原封地按规定应由国家设置的地方政权机构管理，而由诸封君委任的达鲁花赤监临，达鲁花赤作为领主的代表和食邑的最高长官，从财赋、行政、司法等方面，对封地事务实行监临。这一规定在执行中虽受到传统观念和传统制度的干扰，但国家也在不断排除各种干扰，力图行使对各封地的治理权。初，诸封君在封地内除按制度规定派任达鲁花赤外，又多违制私设札鲁忽赤、课税官和其他军民长官。世祖时期，罢去了诸王私设的达鲁花赤以外的其他投下官；明确了达鲁花赤的委任办法与程序，即“凡诸王分地与所受汤沐邑，得自举其人，以名闻朝廷，而后授其职”7，将投下达鲁花赤纳入朝廷地方官行列。至于江南户钞，则由朝廷由税粮折钞后颁赐，领主封君的干预成分更微乎其微了。
注释1兀鲁思，见本卷“黄金家族的兴起”注释10。
2《元朝秘史》卷一○。
3斡惕赤斤，蒙古语，义为“火王”、“灶君”、“幼子”突厥语“特勤”，义为“王子”。
4达鲁花赤，蒙古语，义为“监临官”。
5札鲁忽赤，蒙古语，义为“断事官”。
6李治安《元代分封制度研究》，天津古籍出版社，1992牟。
7《元史·选举二》。
成吉思汗西征当成吉思汗崛起于蒙古草原时，中亚地区花剌子模的势力也臻于极盛。花剌子模是中亚古国之一，早在南北朝时期，就与北魏建立了联系，《魏书》称其为“呼似密国”（忽思密）；《新唐书》作火寻、货利习弥、过利或火辞弥。天宝十年，曾遣使献黑盐。蒙古人称其为“撒儿塔兀勒，意即“商队”，他们以此称呼穆斯林；汉译为“回回国”。花剌子模位于阿姆河下游，都城玉龙杰赤（今土库曼共和国库尼亚·乌尔根齐），其王号花剌子模沙（波斯语，“沙”意为王）。
八世纪以来，花剌子模相继受阿拉伯帝国、萨曼王朝（874—999，波斯人建，首都撒马尔罕）和哥疾宁王朝（962—1189，突厥人建，首都哥疾宁，又作加兹尼）的统治。十一世纪中期，又被塞尔柱王朝（1037—1300，突厥人建，首都巴格达）征服。1141年，西辽进军河中，花剌子模沙向西辽纳贡称臣。在西辽的帮助下，其王帖怯失（又作帖乞失、特克什）及其子摩诃末（又作马合谋）不断向西、南扩张势力，十二世纪末至十三世纪初，先后占领了呼罗珊（阿姆河以南地）的首都内沙不尔（又译作你沙不尔、乃沙不尔，在今伊朗东北部）及其东部的巴里黑（今阿富汗马扎里沙里夫之西）、也里（今阿富汗西北部的赫拉特）等许多重要城镇，成为伊斯兰世界最强大的统治者。摩诃末杀死西辽使者，宣布脱离西辽统治，乘喀喇汗王朝内部发生人民起义之机，将军队开进河中，先后占领了河中重镇蒲华（又译作不花剌，今乌兹别克共和国布哈拉）、撒马耳干（今乌兹别克境内撤马尔罕）。
1210年，马合木在塔剌思河（今吉尔吉斯斯坦境内塔剌思河）打败西辽军队，进一步提高了在穆斯林世界中的声望，于是他又在自己的名字上加上了苏丹桑贾尔的称号，以伊斯兰世界的真正统治者自居1，并于1212年灭亡了西部喀喇汗国。作为西辽附庸的东部喀喇汗国属部的高昌，其王亦都护巴尔术阿尔忒的斤已于1209年归附了成吉思汗。1211年西辽的又一附庸葛罗禄（亦作哈剌鲁）首领阿尔思兰汗也归附了蒙古。同年，乃蛮太阳汗之子屈出律篡夺了西辽末帝直鲁古的汗位。
当成吉思汗于1215年进占金中都后，摩诃末曾派一个使团到达中都。成吉思汗在驻营地接待了这个使团，并表示与花剌子模建立友好关系的愿望，作出了允许商人自由往来的决定。这期间，一支来自中亚的商队也到达成吉思汗营地，向蒙古人出售他们的织物。其中一个商人“对他最多用十个或二十个的那购进的织品，竟索三个金巴里失”2，激怒了成吉思汗，他下令将这个商人的商品全部没收，并让他们参观了自己金库中的贵重织物。于是另两个商人再也不肯出售他们的货物，却说“我们把这些织品献给汗”。于是成吉思汗按每匹金锦一个金巴里失，二匹布一个银巴里失的价格买下了三个商人的全部货物，并在纯白色的毡帐里接待了他们3。当商队返回时，成吉思汗也组成了一个回访使团，以花剌子模人马哈木、不花剌人阿里·火者和讹答剌人玉素甫·坎哈为使团首领；同时命令后妃、宗王和官员们每人挑选一二名亲信，组成了一个四百多人的商队，带上金、银，用五百头骆驼驮载着大量中国内地的丝绸和蒙古皮毛等，与使团同时前往花剌子模，换取当地的珍品。成吉思汗通过使团传达他愿与花剌子模建立友好关系和加强联系的愿望，并表示愿与花剌子模共同维持商路的畅通和保护商旅的安全。他让他们告诉花剌子模王：“贵国商人到了我们这里，我们又将他们遣送回来了。此外，我们还派了一些商人跟着他们到贵国来，想将贵国的珍品和当地出产的珍贵织物运到我国来。
您的家族的伟大和姓氏的高贵是尽人皆知的！大多数地区的平民、贵族全都知道您的国土的辽阔和您的命令的威力。您是我的爱子和最好的穆斯林。现在，当您消除了敌人，将同我们邻接的地区全部占领和征服后，我们两国就成了邻国，为了在两国沟通协作一致的道路，要求我们拿出高尚明达的态度来，担负起患难相助的义务，将两国之间的道路安全地维护好，避免发生险情，以使因频繁的贸易往来而关系到世界福利的商人们得以安全通过。当我们之间建立起亲睦关系以后，就没有人动坏念头了，也就没有人支持纷争和叛乱了。”4古代风景画鉴赏商队大约在1218年春到达花剌子模边城讹答剌（今哈萨克斯坦境内奇姆肯特西北齐穆耳）和讹迹邗（今哈萨克斯坦境内乌支根）等城。花剌子模讹答剌长官亦难赤（又作亦纳勒术、亦难勒出黑）贪图商人们的货物，他一面扣留了商队，一面向花剌子模王摩诃末报告了商队和商人的情况。出于与亦难赤同样的贪欲和对成吉思汗称其为“爱子”的不满，摩诃末下令杀死商人，没收他们的全部货物。商队的成员除一名骆驼夫及时逃脱外，全部被杀。成吉思汗听到这一消息后，极其愤怒，“他独自登上一个山头，脱去帽子，以脸朝地，祈祷了三天三夜，说：‘我非这场灾祸的挑起者；赐我力量去复仇吧。’于是他下山来，策划行动，准备战争”5。他派出三名使臣，指责花剌子模王的无理和背信弃义，要求交出凶手亦难赤；并警告他加强武装，准备迎击大军的讨伐。摩诃末不但拒绝了成吉思汗的要求，而且又下令杀死了为首的使臣，剃去了另两个使臣的胡须，将他们驱逐出境。实力蒸蒸日上的成吉思汗当然不能容忍摩诃末的蛮横无理，又没有任何政治力量能居间调停，于是，东西两强间的战争就不可避免了。
此前，乃蛮部王子屈出律逃亡并篡夺西辽，就点燃了蒙古出兵中亚的火种，摩诃末对商队的暴行则起了火上加油的作用。当然，通过回回商队提供的信息，成吉思汗对花剌子模的实力也有所了解。因此，他对出兵中亚作了充分的准备。在遣使的同时，派遣大将哲别率军攻打西辽，消灭盘踞那里的屈出律；派遣速不台追袭蔑儿乞部的残余势力，试探花剌子模的虚实，扫除进兵花剌子模的障碍。为大军的征伐作了必要的准备。
屈出律篡夺西辽政权后，将军队派往伊斯兰地区，对穆斯林臣民横征暴敛，残酷镇压。为了维持其残暴的统治，又令士兵强行住进百姓家，进行严密的控制、监视，激起境内人民的普遍不满。尤其不能容忍的是他强迫穆斯林改信基督教或佛教，杀害伊斯兰学者。
哲别利用穆斯林的不满情绪，宣布“人人均可信仰自己的宗教，遵守自己的教规”6。蒙古军队在穆斯林地区除了屈出律之外，什么东西都不要，因而穆斯林将他们视为解放者，他们纷纷杀死住进居民家中的西辽士兵，配合哲别的军队。屈出律在可失哈耳（又作喀什喀尔，今新疆喀什）听到蒙古军到来的消息，不待交锋便匆匆逃走。蒙古军跟踪追至巴达哈伤山中，在当地猎人的帮助、配合下，俘获并处死了他。
与此同时，速不台的军队尾追蔑儿乞残众至钦察草原，在咸海北消灭了他们。摩诃末得知蒙古军队进入钦察草原的消息后，也发兵自毡的（今哈萨克斯坦克齐尔·奥尔达东南，锡尔河北岸）北进，与蒙古军相遇，蒙古军避而不战。他们说：“成吉思汗没有让我们同算端花剌子模王交战，我们是为了别的事来的。”7但花剌子模军队并没有因此停止进攻，于是蒙古军被迫应战，并打败了花剌子模军，摩诃末在其子札兰丁的援救下才脱离了险境。东西两强业已交兵，且中间已经没有了任何缓冲地带。当速不台报告了与花剌子模军队交战的情况后，成吉思汗便开始部署西征。
他以幼弟斡惕赤斤留守蒙古地区，将与金朝作战的任务交给了左手万户木华黎。举领诸子、诸那颜，调动了大部分蒙古军队和西夏的河西军、新近自金归降的汉军、契丹军等，大约二十万兵力，于1219年开始了对花剌子模的“讨伐”，这就是成吉思汗的西征。也是蒙古军队的首次西征。
太祖十四年（1219）夏，成吉思汗驻扎于也儿的石河。六月，大军祭旗出师，途经海押立时，哈剌鲁阿尔恩兰汗和畏兀儿高昌王亦都护也率师加入，前往助战。大军的第一个进攻目标就是讹答剌。当蒙古西征军将讹答剌城团团包围后，成吉思汗开始调兵遣将：他派长子术赤率数万兵将沿忽章河（锡尔河）进兵毡的；留察合台、窝阔台攻取讹答剌；命阿剌黑那颜率军南下攻取别纳客忒（今乌兹别克共和国塔什干南，锡尔河北岸）、忽毡（今乌兹别克共和国列宁纳巴德）；自己与幼子拖雷率主力渡锡尔河，穿越沙漠，直趋不花剌。
讹答剌城守将亦难赤作了充分的迎战准备，进行了顽强的抵抗。在蒙古军猛烈进攻下，坚守了五个月，外城终被攻破。亦难赤知道自己不会被宽宥，不肯投降。又率残众退守内城，一个月后，终因众寡不敌，守军全部战死。因为成吉思汗命令必须生擒亦难赤，故使他得以战斗到最后被俘。由于城中军民的顽强抵抗，蒙古军也有很大伤亡，城破后，蒙古军大肆杀掠，将城夷为平地。而将刀下余生的庶民和工匠收入军中服役。亦难赤被送到成吉思汗军前，处以死刑。
术赤军在向毡的进军时，首先占领了昔格纳黑（又译作速格纳黑、速黑纳黑，今哈萨克斯坦契伊利东南，锡尔河北岸）。进攻昔格纳黑前，蒙古军先派出了一名前此来归的穆斯林哈散哈只（忽辛·哈只）为使者，要求居民归降。然而居民不肯投降，并杀死了劝降使者。于是蒙古军从早至晚轮番作战，经七昼夜的猛攻，占领了该城。为给哈散哈只复仇，蒙古军对昔格纳黑也进行了屠杀和掠夺，并命哈散哈只的儿子管理该城。
蒙古军自昔格纳黑出发，向讹迹邗和巴耳赤邗（又作八儿真，在昔格纳黑西北）进军，由于当地居民没有组织抵抗，因而也没有遭到屠城的厄运。然后，他们继续向毡的方向进军，攻占了毡的南部城镇额失纳思（也译作阿失纳思，在锡尔河左岸）。锡尔河沿岸城镇相继失守的消息传到毡的，当地守军及其将领弃城逃往花剌子模，居民虽曾自动组织抵抗，但因缺乏作战经验，该城很快又破陷。蒙古军将居民驱赶到城外，掠夺了城中财物，处死了组织抵抗的人，任命早年归附的穆斯林阿里火者治理该城。接着，他们又遣将西进，攻取养吉干（今哈萨克斯坦诺沃卡札林斯克南，锡尔河左岸，咸海东）。至此，锡尔河下游诸城尽被蒙古军占领。术赤驻营锡尔河以北的哈剌忽木。
阿剃黑那颜率军围攻别纳克忒三昼夜，守军乞降。劫后余生的居民除工匠外，都被编入军籍。之后，蒙古军向忽毡进发，忽毡守将帖木尔灭里在河中岛上修筑坚固的城堡，率领精锐固守在岛上，不断袭击蒙古军。成吉思汗不断从讹答剌、不花剌、撒麻尔干（撒马尔罕）等地派兵增援，在蒙古军队的强大攻势威逼下，帖木尔灭里乘船向锡尔河下游撤退。得知蒙古军已经组织兵力阻截后，他舍舟登陆，边战边退，部众损失殆尽，他只身逃往玉龙杰赤，会见算端。蒙古军攻下忽毡，进而占领费尔干那地区。
成吉思汗和拖雷率领蒙古军主力渡过锡尔河进军河中。他们派遣穆斯林使者先进入沿途城镇、堡寨劝降，对主动归降的城镇，或将其青壮年编入军队从征，或令其依原来的标准向蒙古军缴纳贡赋，而城中居民们的财富，则照例被蒙古军队抄掠一空。1220年3月，成吉思汗抵达不花剌。守将率领部分军队逃走，被蒙古军尾追击败。城中教长、绅士献城投降。成吉思汗入城，在清真寺举行了庆功宴会，蒙古军打开仓库，用谷物喂马，将古兰经从箱子里倒出，用装经书的箱子作马槽，伊斯兰教的首领、学者博士、贵族在蒙古的监督下为蒙古军将看管马匹。宴会后出城，令百姓聚集在城外，成吉思汗向他们宣布了算端的罪行，称自己是“上帝之鞭”，是上帝以此降罪于该国之人。他们要求城中的富人交出他们埋藏于地下的财富，而地上的财富则可由军队自取。由于内城仍有军民坚守，蒙古军在掠夺、勒索后，纵火焚烧了人民的房屋，以孤立内城守军，然后又驱赶不花剌人攻打内堡。经过几天激烈的战斗，内城守军再也无力抵抗了，内城被攻破。居民中的丁壮被强征从军，往攻撒马尔罕，老弱妇孺逃往乡下，不花剌这座昔日繁荣的城市遂变为“平坦的原野”。
占领不花剌后，成吉思汗又率军前往河中府撒马尔罕，蒙古军驱赶着从不花剌征集的大军，沿途村落，一经投降，便一无所伤；凡进行抵抗者；则留兵围攻。当蒙古军攻打讹答剌时，花剌子模王摩诃末曾预征三年的赋税拟筑长围保卫河中府。但成吉思汗率军到来的消息传出后，摩诃末留下数万人守城，自己却从该城退走8。成吉思汗到达后，遣大将哲别、速不台率军追击摩诃末，自己则用两天的时间“巡视城池，观察墙垣、外垒和城门”9。察合台、窝阔台也从讹答剌领兵来会。第三天，成吉思汗下令围城，蒙古军和在当地征集的签军将撒马尔罕团团包围，水泄不通。守军组织突围，被蒙古军击溃。他们又用战象冲击蒙古军阵，双方都有很大伤亡。但蒙古军击退象阵，逃回的大象反而践踏了守城的步兵，城内军民陷于混乱。第五天，守军和城民终于决定投降。扩蒙古军入城后，拆除了城墙和外垒等防御设施，将居民赶到城外，只有献城的居民代表、法官和宗教首领的家属约五万人受到了保护。藏匿不出者，一旦被发现便遭杀害。这时，内堡的守军也陷入混乱，他们“吓得心胆俱裂，既不敢挺身抵抗，又不能转身逃跑”10。有一支千人敢死队拼命冲出内堡，去与算端会合，其余的人只好龟缩在内堡之中。第二天，内堡被攻陷，守军退入大清真寺，用火油筒和方镞箭进行抵抗，蒙古军也用火油筒回击，经过一番激烈的战斗，内堡中的人也全部被赶到城外。蒙古军将突厥人的头发剃成蒙古式样，对他们进行了收编，而将约三万名康里将卒全部杀死。居民中有技艺者三万人被分给了成吉思汗诸子和族人，又将同样数目的丁壮收编为签军，令其随军参与征战。其余的人在缴纳一定数目的赎金后，被允许回城。同时任命契丹人耶律阿海为达鲁花赤，镇守该城。
完成对河中地区的征服后，成吉思汗开始作下一阶段的部署，西征战事进入第二阶段。他派察合台、窝阔台率军征讨花剌子模，令术赤自毡的前往与二弟会师，自己则作进军呼罗珊的准备。
成吉思汗命哲别、速不台追袭摩诃末时，指示说：“朕命你们去追赶花剌子模沙算端，直到将他们追上为止，如果他带领军队来攻打你们，你们无力抵抗，可马上（向我）报告，如果他力量不大，可（与他）对敌！因为我们不断接到消息说，他怯弱、害怕、心惊胆战，他一定敌不过（你们）。……如果他被你们打垮后，带着几个人躲到陡山、狭洞里，或者像‘必里’（伊朗神话中犯罪的天使）般躲过了人眼，你们要像强风似地吹进他的国土上去；归顺者可予奖励，发给（保护）文书，（为他们指派）长官；流露出不屈服和反抗情绪者一律消灭掉。”
当蒙古军围攻撒马尔罕时，花剌子模王摩诃末便放弃了首都玉龙杰赤，逃往阿姆河南的卡利甫一带，准备防守阿姆河一线。但花剌子模统治集团内部矛盾重重，无法组织有效的防御。成吉思汗又采纳讹答剌城降人的建议，施用离间之计，加剧了他们之间的互相猜忌。哲别、速不台按照成吉思汗的指示紧跟摩诃末之后，穷追不舍。沿途所经之地，凡迎降者，为其指定长官后，立即率军离开；个别地区虽不曾迎降，也因行军匆忙，不曾停留；个别村镇，居民们的无礼行为触怒了他们，才遭到攻城和屠杀的厄运。
不花剌、撒马尔罕相继陷落后，摩诃末匆忙逃到你沙不尔（今伊朗霍腊散省内沙布尔），路上还险些被属下的突厥将士杀死。哲别、速不台跟踪渡河追至巴里黑（今阿富汗境内阿姆河南马扎里沙里夫西，卡利甫西南）。消息传入你沙不尔，摩诃末又仓惶逃往可疾云（今伊朗德黑兰省加兹温）。1220年6月，蒙古军又跟踪追到了你沙不尔，并向当地权贵们派出了招降使者，向表示归附的人们发放了成吉思汗诏敕的副本。哲别、速不台分兵追袭。速不台军经徒思（今伊朗霍腊散省马什哈德北）、哈布商（今霍腊散省古昌）、担寒（今伊朗马赞德兰省达姆甘）、西模娘（今伊朗德黑兰省塞姆南），至刺夷（今伊朗德黑兰之南）；哲别经志费因（今伊朗霍腊散省札哈台），进入杩拶答尔（今伊朗马赞德兰），经剌夷尾追摩诃末至哈马丹（今伊朗西部哈马丹）。摩诃末在哲别率到来之前，离开哈马丹又转匿于可疾云附近诸堡。蒙古军的步步紧追，使他无法在任何一个地方安身。这期间，蒙古军曾与摩诃末军遭遇，由于他们不知道那是摩诃末的队伍，虽射伤了驮载重物的马，却使摩诃末本人得以逃脱。最后，他逃到了宽甸吉思海（里海）中的一个岛上。他在群岛中转来转去，蒙古军没有找到他，却袭击了他的后妃和金库所在的堡寨，夺得了他的金库，俘虏了他的后妃，杀死了他的儿子。1220年底，摩诃末在悲痛与惶恐中死于海岛。死前，传位于其子札兰丁。
当摩诃末撤离阿姆河防线时，其母秃儿罕哈敦也撤离首都玉龙杰赤逃往杩拶答尔。后来，追击摩诃末的蒙古军围困了她栖身的堡寨，守兵坚持四个月后，因寨中无水出降，秃儿罕哈敦也作了蒙古军的俘虏。
当秃儿罕哈敦离开玉龙杰赤时，城内尚有守兵九万人。1220年夏，忽毡守将帖木儿蔑力兵败后退入这里。他整顿了城防，并以此为根据地反攻术赤军，一度夺回养吉干。摩诃末死后，新算端札兰丁曾自里海返回故都，但城内的康里军素与札兰丁不和，他们策划发动政变杀死他。于是他又撤离这里开赴呼罗珊，帖木儿灭里率三百骑与他同行。玉龙杰赤群龙无首，秃儿罕哈敦的族人康里将领忽马儿（又作乌马儿）的斤被拥为算端。1220年秋，西征战事进入第二阶段。成吉思汗派三子术赤、察合台、宽阔台进击玉龙杰赤。术赤率本部军自毡的出发，察合台、窝阔台自不花剌进入花剌子模境。蒙古先锋军在城外一程之地设下埋伏，派少数将士进至城下，当守军出城袭击时，他们迅速撤离，将花剌子模军引入伏击圈，杀死守军一千余人后退回宿营地。
玉龙杰赤城横垮阿姆河两岸。蒙古主力到达后，在城周围结下环形营垒，一方面准备攻城的武器和代替石头的木料，一方面照例遣人谕降。准备就绪后，他们用火油筒攻城，城内守军也进行了顽强的抵抗。后来，他们又以三千人夺取连接两城的桥梁，结果三千人全部被守军杀死。此后，守军斗志高昂；而蒙古军却因术赤与察合台的严重不和，导致指挥混乱，号令不一。围攻玉龙杰赤的战斗进行了数月，军事上却毫无进展。消息报告到成吉思汗处，他命令由窝阔台担任全军统帅，指挥攻城。窝阔台调解了两位兄长的矛盾，坚古代风景画鉴赏定地执行成吉思汗的命令，使蒙古军齐心协力投入战斗，终于攻占了这座城市。他们照例将居民驱往城外，将其中的十万名工匠送到了蒙古本部，妇女和儿童全部成了俘虏，其余的人则全部遭到杀害。他们在掠夺和洗劫了这座城市后，又决阿姆河水灌城，使花剌子模的都城变成了一片汪洋。
成吉思汗在撒马尔罕住了一段时间后，就移军那沙黑不（今乌兹别克斯坦哈尔希）附近草原，休养士马，一俟秋高马肥，他与幼子拖雷便开始了向阿姆河南呼罗珊地区进军的行动。大军自那沙黑不经铁门关（今乌兹别克斯坦沙赫尔夏勃兹南九十公里拜松山中的布兹加勒山口）南下，抵达阿姆河北岸的忒耳迷（今乌兹别克斯坦克尔梅兹）。忒耳迷军民依靠坚固的城防，充足的装备，坚持抵抗了十一天。经过激烈的战斗，成吉思汗的军队终于攻下了这座城市。居民们因进行了抵抗而悉数被杀。然后，他分兵攻略附近城寨，派拖雷进军呼罗珊，还派出一支军队进入巴达哈伤（喷赤河与兴都库什山之间）地区。
这一年，成吉思汗在阿姆河北驻冬。1221年春，他领兵渡过阿姆河，抵达河南重镇巴里黑（今阿富汗北部马扎里沙里夫西）城下，城中首领送上礼物归降。接着他领兵东向围攻塔里寒寨（在今阿富汗木尔加布河上游之北）。塔里寒军民据险固守，蒙古军与守军激战七个月仍未能将其攻下，直至拖雷奉命前来会师，才将堡寨攻克。守堡军民被杀，城堡、房屋被毁。成吉思汗驻军塔里寒。
拖雷奉命出师呼罗珊时，成吉思汗下令从诸军中各抽调十分之一的勇武之士，由他指挥。呼罗珊地区分为四个城区：巴里黑、马鲁（今土库曼斯坦马里）、也里（今阿富汗西北赫拉特）、你沙不尔。拖雷将其军队分为三部分，他自统中军，与左、右两翼向除由成吉思汗征服的巴里黑以外的其余地区发动了全面进攻。“两三个月内，拖雷征服了许多城镇，其人烟如此稠密，以至每个镇区本身就是一座城池，而且人群汹涌，其每座城镇都是海洋；整个地区变得像掌心，造反的豪杰就被粉碎在毁灭之掌中”。上述地区在哲别、速不台追袭摩诃末时，几乎都曾经历过兵燹，但当时，两将的主要任务是追袭摩诃末，凡不曾抵抗的城池，一律在接受了蒙古军委派的达鲁花赤后，发给了优待文书、诏敕。但是，其中的一些城镇，在蒙古军远离后，相继起兵反抗。拖雷军到达后，凡曾经反叛的城镇，都遭到了又一次洗劫。其中以马鲁、你沙不尔为甚。
当哲别的军队到达时，马鲁城曾接受了蒙古军委派的长官和成吉思汗的木牌子。而后。他们背叛并袭击了一支蒙古军。拖雷军再至，洗劫了这座城市，将居民中的四百工匠和部分童男女掠走，其余的则全部被杀，城市也被夷为平地。蒙古军退去后，一些隐藏在洞穴中或逃亡返回的人又重新聚集，不幸又再次惨遭杀戮。你沙不尔也遭到了同样的命运。
花剌子模，呼罗珊相继征服后，成吉思汗召诸子大会于塔里寒寨。下一个军事目标就是消灭新算端札兰丁。
札兰丁无论智慧还是勇武，都远在乃父之上。他自玉龙杰赤出走时，参与保卫玉龙杰赤的忽毡长官帖木儿灭里跟随了他，他们途经奈撒（今土库曼斯坦的阿什哈巴德东）时，击溃了一支驻守该地的蒙古军，取得抗击蒙古入侵的首次胜利。这一胜利鼓舞了一些地方的首领，于是在他前往自己的封地哥疾宁时，马里都督阿明灭里（灭里可汗）率五万军队，另一大臣赛甫丁也率四万人相继来投。为了镇守哥疾宁、可不里（今阿富汗首都喀布尔）一带的道路，1222年，成吉思汗派失吉忽秃忽、帖克扯克等前往这一地区进行征伐和警戒。札兰丁击败了帖克扯克率领的蒙古军先头部队一千多人。4月，又在八鲁湾（今阿富汗查里卡东北）大败失吉忽秃忽。八鲁湾之战是蒙古西征中损失最重的一次，也是自抵抗以来花剌子模一方取得的最大胜利。消息传开，被占城镇纷纷起义反抗，杀死蒙古戍将，蒙古人受到了前所未有的挫折。于是成吉思汗亲率大军，日夜兼程，追赶札兰丁。而得胜后的札兰丁部下，却因分配战利品发生了争执甚至分裂。札兰丁听到成吉思汗前来追袭的消息，放弃了自己的根据地，向辛河（亦作申河，今印度河）方向撤退，准备渡河避难。
蒙古大军抵达哥疾宁时，札兰丁已离开半月之久。成吉思汗视察了八鲁湾战场，指出了战略指挥上的错误；任命牙剌瓦赤为哥疾宁长官，然后火速向辛河方向追击。在辛河岸边，他们追上了札兰丁，为了防止札兰丁渡河逃走，并打算生擒他，成吉思汗命令连夜组织进攻。他下令：“不得用箭射伤算端，要设法（将他活）捉到手！”10蒙古军发动了强大的攻势，阿明灭里总右翼军，战败后向白沙瓦方向逃跑，被蒙古军追及后杀死，左翼军也发生了动摇。只有札兰丁自统的中军左右拼杀，坚持战斗。由于没有发出改变生擒的命令，军士们不能向他射箭，只是把他紧紧地包围起来。当他意识到突围无望后，便换乘生马向蒙古军猛冲过去，迫使他们后退，“接着他疾驰向后，扯紧缰绳，背上披着盾牌，拿住屏伞与徽牌，用鞭子抽打了一下马，像闪电般地过河去了”6。蒙古军准备过河追击，被成吉思汗阻止了。札兰丁知道自己无法取胜时，已先将妃嫔、子女和金银珠宝投入河中。及至他逃到对岸，蒙古军将他的士兵全部消灭然后动手打捞被他遗弃的珍宝。
成吉思汗驻军白沙瓦，命八剌和朵儿拜（朵儿伯）那颜率领二万蒙古军渡河继续追击札兰丁，同时分兵遣将镇压各地的起义。八剌等进入印度境内，攻占了一些城镇，但始终没有找到札兰丁的下落。天时向暑，蒙古人不耐暑热，遂班师与成吉思汗会合。这一年，成吉思汗在八鲁湾驻夏，并在这里接见了长春真人邱处机，9月，回师撒马尔罕。算端札兰丁则因不为德里算端所容，离开那里回到了波斯。
奉命追击摩诃末的哲别、速不台在1220年秋进入阿哲尔拜占（首府桃里寺，即今伊朗东阿塞拜疆省大不里士），当地统治者纳金钱、牲畜请降。1221年，他们又进入谷儿只（今格鲁吉亚共和国），败其守军。因那里林密路险，他们又自桃里寺往攻蔑剌合（今伊朗东阿塞拜疆省马腊格），并镇压了那里人民的反抗斗争。1222年春，他们再入谷儿只，转战沙马哈（今阿塞拜疆舍马合）、打耳班（今达格斯坦自治共和国捷尔本特），逾太和岭（高加索山）入阿速人（也作阿兰，在太和岭北麓）、钦察人（里海、黑海以北，东起乌拉尔河西至顿河的辽阔草原）地区。
他们离间和破坏了钦察与阿速人的联盟，以各个击破的方式打败了阿速、钦察，进入钦察草原。钦察部落首领向斡罗斯诸侯求援，由于指挥不一，诸侯各自为战，损失惨重，蒙古军长驱直入，自斡罗斯南部沿黑海北岸进入克里米亚半岛。1223年底东返，经亦的勒河（伏尔加河），攻下不里阿耳。然后沿黑海、里海北岸回师与成吉思汗会合。
这次西征，南至印度，西至伊拉克、阿塞拜疆、黑海北岸，北达斡罗斯的基辅，历时六年。
注释1苏丹，亦译作算端。苏丹桑贾尔是塞尔柱王朝统治时间最长的苏丹，摩诃末袭用他的称号，以示自己的强大。