李昰应的伟大梦想，终因哲宗的猝然驾崩而得以实现。
作为摄政的国太公，大院君实际上与一国的君主无异。
大院君的社会、政治背景，使他既深悉王室朝廷的内幕和政界的动向，又洞察民情，深知势道政治对国家与社会的恶劣影响。因此，加强王权，抑制和打击安东金氏的政治势力，建立以他为中心的权利中心，成了大院君执政后的第一位要务。
在金氏戚族中，除金炳学处事比较宽容，取得大院君谅解外，其他核心人物都陆续离开了权力中心。
领议政金左根辞职，领敦宁府事金兴根称病告退，外戚势道政治的代表人物，金左根之子金炳翼，离开中央调任广州留守；受安东金氏器重的李格元也被赶出京城改任水原留府，失去权力。其他对金氏势道政治阿附追从的官员也遭到清洗。
于是，以赵斗淳为领议政，金炳学为左议政，柳厚作为右议政的新的中央统治体系开始确立；大院君的心腹人物也相继被安插到政府要害部门。经过此一翻改造，以大院君为核心的权力结构与中央集权制统治得到了加强，大院君所设想的内政改革有了政治保证。
高宗三年（1866）2月，赵大妃取消了垂帘听政，宣布“还政”于国王。
从此，在高宗亲政的名目下，大院君掌握了政治实权。
大院君辅一执政，为了缓和人民的反抗，阻止统治阶级内部的互相倾轧，首先改革了用人制度。
一方面抑制长期独占政府要职的老论系人物，一方面推行人才本位主义，广泛网罗各界有为人士，以表示自己政治的开明。同时，为避免重蹈戚族专权的覆辙，大院君还用尽心计选定了高宗的王妃，认为闵妃家世孤单，不会对王权形成威胁。
在这之后，大院君又全面整理地方两班榨取人民的老巢——书院，图谋加强中央政权。
最初，书院是隐居求志之士，讲道修业，于宽闲之野、寂寞之滨，歌咏先王之道，蓄其德、熟其仁之处所。书院在朝鲜已有三百多年的历史，最初仿效中国白鹿洞书院而建，明宗时代，开始出现悬挂御笔匾额的赐额书院。此类书院拥有国王赐予的大片良田和奴婢，享有免纳赋税、徭役和免缴税金等特权。
另外，还有大量的私设书院遍布民间，发展到后来几乎达到泛滥的地步。到大院君执政初期，赐额与非赐额的书院共达六百余所。
这些书院不仅滥用各种特权，向地方官署和人民勒索钱财，且又倚此占夺土地，奴役人民，公然变书院为施行私刑的殿堂。一方面又作为“儒学论”的中心地，结成党派，崇尚政论，左右舆论，暗地里支配了有关政治的时论。书院的创建者均有在朝做官的背景，并掌握广大的农庄，这些称作“士林”的地方士大夫，不仅随时有进入中央权力核心的可能，而且通过乡约可以直接控制各该地区的居民。因此，书院既是地方的文化教育中心，也是地方的政治的中心。书院的弊端早已引起当权者的关注，到了大院君执掌政权之时，书院的存在已构成对新的王权****主义的重要威胁。
于是，高宗即位伊始，大院君就对书院采取断然措施，下令禁止重建和新设书院与乡贤祠；高宗二年，下令关闭了全国势力最强的书院——清州万东庙；高宗五年，明令废陈书院的免税权；大院君授意公布了《书院撒废令》，宣布除74所赐额书院外，其余600多所书院全部关闭。