宁砚，字清墨，应天府人。祖伯生，翰林侍读学士，不得志，遂罢官隐于野。砚少颖敏绝伦，好读书，其属文动笔如飞，初若不经意，既成，见者皆服其精妙。十三为童生，名满乡野。
父亡，家贫，砚孝，不忍慈母食不果腹，是以赁书于同窗，取银以易粮。管光武，凤鸣县令之子，借赁书济砚，砚念其情，遂成挚友。十六为诸生，未几，举于乡。会试初不第，再试，成进士，列二甲第一，御赐殿前传胪，改庶吉士。
砚颀面秀眉目，性温而品洁。时翰林欲著辞书，同行皆拒之，砚独允，曰：“吾愿试之。”何也？勇敢任事也。太初六年，《大凉字汇》成，擢为内阁侍读学士，章严维辈皆器之。
初，祖宗之法行久生弊，章严维辅宣宗，革故立新。改差役为募役，然募役之害亦存，严维性强忮，遇事无可否，自信所见，执意不回，时人莫敢议错。
惟砚不惧之，言其过：免役之害，掊敛民财，敛聚于上而下有钱荒之患。帝闻之，以为然，委之重任。置田赋司，任大司卿，时二十有四也。
七年，迁金陵审判史。砚为政，尊主权，课吏治，信赏罚。寻民、商之便，立兑票务，印兑票以代银，贷银于民而以小利取之，利商而益于府城，积币满仓。治下逢灾，可自赈而无需求于朝廷，帝喜之，赞曰：“善！”
十一年，徙户部侍郎，并官票府总裁。是年，潼川大震，砚奉命，随次辅夏敬赴蜀赈灾灾济民。路遇难民，砚怜之，着弱童乘其车驾，步行往之。爱民若子，尝曰：“为天地立心，为生民立命。”时人莫不敬之。
帝愈器砚，擢为詹士府詹士，衣紫服，时年不过而立耳。
及帝崩，新帝即位。砚为小人忌恶排挤，不使安于朝廷之上。砚愤而罢官岁余，帝诏而起复，拜内阁首辅。恰新政遇阻，任重而道远，砚无畏以为乐。革弊病，改漕运，整商税，平吏治，所奏之议，帝皆用之。
又五年，国强而民富，海内升平，民衣食有余，路不拾遗，夜不闭户，商旅野宿焉。遇突厥叛乱，砚举章友朗为将，平突厥，扩疆土以为大凉之最。砚之功愈厚，而人不骄，举手投足，一如昨朝，引天下士人慕其名。
承平十一年，仁宗重病，崩于紫宸殿。留命砚为太子太傅，辅幼帝。及幼帝亲政，朝臣暗议砚恋其权，恐欺幼帝。然还政之日，砚上书请辞，帝不允。次日，家室已空，问其子，曰：“已挂印归乡。”淡泊之名，传为美谈。