而就在这时，耶稣会的传教士也开始在吕宋岛活动，向各个土著部落，以及在部落里的传教士说明，与中华军作对只是死路一条，投降才能获得生路。中华军可以保证对土著部落不予追究，而其他的传教士只会被驱逐出吕宋群岛地区，也不会伤亡他们。但如果执意要和中华军做对，等待他们的只是死路一条，甚致是灭族之祸。
这么一来支持大主教的人就更少了，有些本来已经决定支持大主教的部落，也立刻打了退堂鼓。结果只气得弗朗西斯科整天跺足捶胸，大骂其他的修会已经倒向了异教徒，不在忠诚于天主。
其实弗朗西斯科和阿诺基三世并不是笨蛋，当然也知道和中华军对抗是死路一条。但他们更清楚，其他人投降或许都有活路，唯有自己就是投降也是死。
因为这次马尼拉大屠杀事件中，弗朗西斯科是主要的策划者之一，早就上了中华军的黑名单。而阿诺基三世虽然没有出面，但邦班牙族也出力不可，受西班牙殖民者直接指挥的土著兵几乎全部来自邦班牙族，加上以前邦班牙族一直都是西班牙殖民者打压华人的主力帮凶，因此是怎么样也好不了，还不如拼死一战。
果然就在几天之后，中华军的第二批船队抵达了马尼拉，又带来了一个步兵团，这次出征马尼拉的南京军区第七军第三旅也在马尼拉聚齐。商毅也下令，以三旅为核心，辅以一千海盗和一千民兵，总计兵力九千余人，进剿邦班牙部。
这个时候邦班牙部一共才三四万人，虽然阿诺基三世将部族里拿得起兵器的男子包括壮年女人全部都招集了起来，拼凑出两万多人，但在中华军凶猛的火力面前，人数上的优势几乎没有任何作用，战斗连续进行了三天，邦班牙部的阵亡人数达到一万五千余人，终于全军溃败了而邦班牙部的营地也被中华军占领，不过这时在邦班牙部里，剩下的只是一些小孩和老人。
而弗朗西斯科和阿诺基三世到是有足够经验，在战场上见势不妙，立刻率先逃跑了，这次他们逃到了中科迪勒拉山南部的一个他加禄部落，去寻求保护。可惜到了这个时候还有谁敢收留他们，部落酋长正愁没机会向中华军投降，这可是天上掉馅饼下来，立刻抓住他们两人，送到马尼拉城里。
抓住了大主教和阿诺基三世，也宣告中华军征剿邦班牙部落以全胜结束。商毅也立刻组织了一个调查团，对抓获的传教士、土著进行调查，他们在这次大屠杀中的行为，而对西班牙士兵则不问调查，全部处以死刑。
同时商毅也正式宣布将吕宋地区并入自己的版图中，称吕宋海外行省，直接受南京内阁管理。设立行政总督，管理省内行政事务，在行政总督以下，按南京政府的模式，设置其他各部门，管理事务。而在省下设市县乡，实行分级管理。
不过在目前阶段，吕宋的各级行政机构不可能一下子就会部建立起来，还要逐步完善，因此商毅也不打算向吕宋省派遣官员，现在全部官员都从当地的华人中间选出，实行当地人自治。而吕宋行省的第一任行政总督，由商毅指定张庚秋担任。
张庚秋在马尼拉的华人当中就有比较高的声望，马尼拉战争结束之后，又得到进一步提升，由他出行政总督，也是名致所归，而总督府以下的官员，也由张庚秋付责提名。
接着商毅又正式任命李华梅为中华军驻吕宋军区司令员，兼任吕宋舰队司令员，军街为少将。吕宋军区直接归属于南京军区管辖，属于小军区一类，行政级别相当于一个军，而吕宋舰队则归属于海军部，与五大分舰队同级。在马尼拉地区缴获的西班牙战船，全部都划吕宋舰队，这一来吕宋舰队的战船数量达到了二十七艘，按海军的战船划分，拥有三级巡洋舰二艘，四级驱逐舰十一艘，五级护卫舰七艘。辅助战船七艘。
不过舰队的人员缺额超过了一半，还要慢慢补充，因此商毅也决定，原来的船员水手只要经过调查，没有参与这次大屠杀的，也全部留用，归为吕宋舰队的成员。
这样一来，吕宋地区的军、政两方面框架都已经正式建立起来，也标志着南京政府对吕宋的统治已经进入一个实质性阶段，只需要一步一步的完善起来。
而这时西班牙人已经彻底被中华军打败，一个强大的当地土著也几乎被灭了族，现在整个吕宋群岛地区都是中华军的天下，而在这种强大的武力面前，还有谁敢和中华军作对，因此吕宋岛的其他各部落土著，以及其他教会的传教士们，还有吕宋岛以外，其他各海岛上土著部落的酋长头人，在耶稣会的传教士的劝说下，也都纷纷来到马尼拉城，向中华军表示臣服。
等众人差不多聚齐之后，商毅首先下令举行审判大会，将在这次大屠杀中犯罪的人员进行公开处理，被处以死刑达到一千五百六十六人，包括总督查孔在内的所有西班牙士兵，大主教弗朗西斯科等三十二名传教士，以及阿诺基三世为代表的一批土著。当场执行枪决。参加审判大会的土著酋长头人们也都吓得心惊肉跳。而其他在马尼拉城里居住的西班牙人、待从，以及归附西班牙殖民者的土著，则都处以五到十年的苦役。
随后商毅才招集众土著酋长头人们，先严厉的将他们训诉一顿，指责他们附庸西班牙殖民者，欺压华人的行为。这一点到并不冤枉这些土著，虽然他们并没有像邦班牙部那样，直接充当西班牙殖民者的帮凶，但占华人一点小便易的事情，多少也都做过一些。只是有了大坏人，也就显不出小坏人来。但现在世道变了，大坏人已经被打倒，不少酋长都在想，是不是该清算小坏人了。有不少人都吓得哆嗦起来。
不过商毅把话锋一转，表示自己宽宏大量，对他们过去的行为都不予追究，但要求他们以后绝对服从中华军的命令，否则邦班牙部的下场就是最好的例子。
众酋长头人们听了，也都松了一口气，立刻纷纷表示，一定服从中华军的命令。而商毅也立刻趁热打铁，要救各部落都要抽调一部份青年土著，年龄在十六岁以上，二十五岁以下，男女各半，脱离本部落，做为吕宋总督府的直属土著。因为现在马尼拉的华人只有两万五六千余众，想要进一步开发吕宋，需要大需劳动力，这点人力当然不够，而在短时间内，对吕宋进行大规模移民也是不现实的，因此只能从当地土著中挖掘潜力。
尽管各酋长头人们心里都不愿意，因为十六岁以上，二十五岁以下的男女也都是各部落的主要劳动力，谁都舍不得。但血淋淋的事实就摆在眼前，谁还敢说个不字，因此也只好同意了。结果总督府一下就得到了三万多名年轻的男女，致少在近三五年之内，劳动力还是够用了。
而最后商毅又宣布，将邦班牙部遗留下来的全部人口都分配给各部落。邦班牙部的青壮年几乎全部战死，现在还有两万余人，基本都是老弱妇幼，其中少年儿童约有一万三四千人。
如何处理这一批人，也让商毅有点为难。全部杀了有些太过份，商毅并不喜欢搞种族大屠杀，但留着也是一个隐患，毕竟这个仇口不小，这批孩子长大了，肯定不会对华人有善意，还会种下动乱的祸根，因此商毅决定把这批人分散到其他各部中去，由其是分散到各海岛部落中去，使他们完全分散，而且到了其他部落，这批人的地位也是最低下的，也就翻不起多大浪来。
而其他各部虽然都被抽调出一部份的青年劳力，但也得到了一定的邦班牙部人口，虽然都是老弱妇幼，也算是有所补偿，特别这这批少年儿童，几年之后也都能成长为新的劳动力，因此心里也都觉得好过一些，同时也觉得中华军还是比西班牙人强一些，西班牙人才不管那个，一定会把他们全都杀了。
第四卷 纵横篇 第二六九章 马尼拉的后续工作（三）
随后商毅又招集所有的传教士，向他们宣布，从此以后，在吕宋群岛地区内，只允许耶稣会的传教士进行传教活动，而其他传教士，将会在今年以内，安排他们离开马尼拉，返回欧洲。
虽然这些传教士都非常不甘心，但无奈现在的形式比人强，除了接受之外，也没有其他的办法，和那些被枪决己及被罚做苦工的奥古斯丁会的同行们相比，自己也箅是很走运了，至少还能够保住性命回欧洲去。
当然方济各会和多明我会的主教这时连肠子都霉青了，因为当初阿科尼亚等人来劝说他们在这场战争中保持中立的时候，这两位主教都是想也没想就拒绝了，现在只能干瞪眼的看着数十年辛苦经营起来基业就这么化为乌有，而这么大好的一块肥肉，却被耶稣会一家独吞了。
在随后一段时间里，马尼拉也迎来了大批的国内商人，都是赶来参与西班牙殖民者遗留在马尼拉的资产竞拍事务的。因为这些商人久在马尼拉经商，当然知道这些工厂、农场的价值所有，而商毅又一直鼓励商人进行建厂置业，由物流型商人转化为产业型商人。当然也有一部份商人的醉翁之意不在酒，而是希望在马尼拉拥有一份产业，以后就更方便在马尼拉做生意了，因此在国内接到了消息之后，商人们发现这里面大有商机，自然也又对马尼拉趋之若鹜起来。
商毅的岳父林之洋表现得最为积极，因为现在马尼拉已经是女婿的地盘了，而且新任总督又是自己的老熟人，还有什么好怕的，因此这次也派出了自己手下最得力的干将林琛来到马尼拉，随船竟带来了五百万元中华宝币，显然是雄心勃勃的准备大干一场。同时还把商毅的小舅子，次子林旭进也跟着一起来，增加一点见识阅历，另外林之洋在马尼拉也有产业，大乱之后，也要清理清理。另外还给商毅带来了一份家书，内容当然还是向商毅通报平安。
商人们当然都不会空手来到马尼拉，虽说马尼拉离中国不算远，但来一趟也并不容易，自然也要带足货物，而有了中国商人和货物，自然也有欧洲商船来往，包括许多来自西班牙的商船。虽然到了马尼拉之后，他们惊奇的发现马尼拉已经改旗易帜，成为生理人的殖民地了，但商毅仍然允许西班牙商船来到马尼拉经商，而全球商人皆重利，因此西班牙商人也不管现在马尼拉归谁管，赚钱才是硬道理，于是也就心安理得在这里做起生意来。至于以前马尼拉的西班牙人到那里去了，大家都装不知道。
西班牙商人都是如此，其他国家如葡萄牙，荷兰、英国、法国等各国的商人更是不在乎马尼拉是谁的，只要保证自己有钱赚就行了，因此马尼拉的繁荣盛况很快就又恢复起来。
不过这几天最引人注目的当然还是西班牙人留下的产业竞拍，整个竞拍过程一共进行了七天，每一天都进行得十分激烈，有不少商人为了凑齐足够的资金，临时拉人入伍，组成了一个团队，进行竞拍，结果等全部竞拍结束之后，竟诞生了八个商业集团，其中有两个在数百年后，竞发展成为世界知名的大型跨国商业集团。
林家在这次竞拍中也出尽风头，一口气拍了两个大型农场，和一家制衣工厂，要不是商毅规定，一家只允许拍下三处产业，恐怕林家还要拍下更多的产业。当然也有不少商人因为所带的现金不够，一事无成。而他们又不甘心空手而回，因此也在马尼拉四处寻找有价值的商品，好买回国内去销售。
而拍下农场、工厂之后，又需要招募工人，商毅早有准备，立刻将从各土著部落里抽调出来的青年劳动力给推出来，让各商家自行和他们商谈条件，进行招工，很快这三万多劳动力也被一扫而光，进入各个工厂农场里，成为吕宋地区的第一批产业工人。在数十年之后，这一批产业工人里，有一些人靠自己的勤奋工作、努力学习，终于开创了自己的成功事业，而提起当年的往事来，对商毅的感激之情也溢于言表。
这些种种事情，又进一步带动马尼拉地区的经济发展，等这一轮竞拍热潮结束之后，取而代之的又是各工厂、农场开始经营起来，又带来大量的华人来到吕宋经商置以，而欧洲商家也如闻蜂蜜一般，纷纷涌像马尼拉，也使马尼拉的繁荣更胜，而张庚秋等人对商毅更是佩服之致，居然能够想出这么奇妙的办法，使马尼拉的经济不仅在短期内迅速恢复过来，而且比当初大大提升了一步。
但在另一方面，中华军攻占马尼拉，并且将吕宋群岛变成了自己的殖民地，在最短的时间内传遍了南洋，也给整个南中国海地区带来了一场巨大的震动。南洋诸国虽然在整体发展水平上远不如中国，但随着大航海时代的来临，也不可避免与外界发生接触，对整个世界的认识程度，也比过去提高了不少。
在郑和下西洋过去了两百多年之中，中国逐步退出了海洋，回归大陆，几乎所有的南洋国家似乎都忘记了中国的存在，而现在其他国家也都意识到，中国再一次把他的手掌伸向了海洋，收复当年的失海，而且这一次中国显然已经改变了当年的做法，更是釆用接近于西洋人的手段，开始在海外建立自己的殖民地。
对此南洋诸国中有人欢喜有人愁，重视传统的人当然希望中国能够再展雄风，称霸南中国海，赶走西洋人，自已再度成为中国的藩属国。但也有人感到的却是恐慌，这条东方巨龙一但真的苏醒，自己这几斤几两，还不够它一顿吃的。
而对此感觉到更为恐慌的，还是欧洲人。
这个时候在东南亚地区的欧洲国家主要是荷兰、西班牙、葡萄牙三家，现在西班牙在亚州的势力已经完了，而葡萄牙也仅仅只有澳门这一点据点，因此对中国最恐惧的，是势力最大的荷兰。
特别是荷兰在亚州最大的距点巴达维亚离吕宋最南端的棉兰老岛只有两千多公里的距离，对马尼拉一直都是虎视眈眈。而马尼拉的西班牙殖民者也一直把巴达维亚的荷兰人当作自己最大的危胁，修建马尼拉城、圣地亚哥堡都是为了防备荷兰人的进攻，只是现在荷兰的主要力量集中在欧洲战场，因此才腾不出手来进攻马尼拉。但谁也没有到中国会在半路插进来一杆，抢先一步把马尼拉给占了。
荷兰人和商毅的关系十分密切，当然知道商毅的实力究竟如何，这一点就比西班牙强得多，另外荷兰人也懂得在利益面前，没有永远的朋友，也没有永远的敌人，如果商毅真的打算插手南中国海，那么中荷之间早晚必有一战，但以荷兰目前在亚州的实力，根本就不是商毅的对手。假如现在商毅立刻来进攻巴达维亚，荷兰人的表现也未必会比西班牙人好多少。
因此荷兰也立刻派出使者，来到马尼拉，求见商毅，名议上是向商毅表示祝贺，实际上是来试探一下商毅的态度，是否有进攻巴达维亚的打算。另外如果商毅没有与荷兰为敌的意图，他们也想和商毅商谈，希望能够在吕宋岛上开设一个荷兰商馆，最好能在吕宋群岛中租借到一个小岛，这就可以形成巴达维亚——吕宋——台湾这三点一线，惯穿整个南中国海域。
荷兰使者来到马尼拉之后，也受到了商毅的热烈接待，毕竞现在双方还是盟友关系，虽然商毅也清楚，就冲荷兰人占着台湾西南部这一点，自己与荷兰早晚都会兵戎相见的，何况自己的目标是独霸整个南中国海城，但致少不是现在。因此在大面上还是要做足友好的姿态。
因此在接见荷兰使臣的时候，商毅也一再强调，自己这一次出兵的目地只是为了保护马尼拉的中国商人，并不是要和西班牙争夺殖民地。现在只是暂时维护马尼拉的秩序，并且打算派人通告西班牙的国王菲利普四世，进行谈判，只要菲利普四世答应赔偿中国的损失，保证在马华人的利益，类似事情不再发生，可以将马尼拉交还给西班牙。同时商毅还大谈中国是礼仪之邦，一向爱好和平，拒绝战争等筹。
虽然荷兰使者明知商毅是在睁着眼说瞎话，也不会说破，只是哼啊的答应着，但心里也安定了不少，因为至少表示商毅在短时间内，不会与荷兰撕破脸。
不过当荷兰人向商毅提出，希望在吕宋群岛中租借一个岛屿，进行贸易来往的时候，商毅也满口答应下来。但就在荷兰使者高兴劲还没过，商毅也向荷兰人提出能不能租借邦加岛给自己，也好进行贸易来往呢？
荷兰使者听了之多，只是干笑了几声，打了几个哈哈，就这么含混过去了。
第四卷 纵横篇 第二七零章 马尼拉的后续工作（四）