在九月十五日，中国国内派来的外交部副部长张原，和两名外交部干事李治、陈桓也都到达了京都，因此也就不在等那三位北海道的小藩大名，马上开始了日本重新洗牌进程。
九月十六日，天皇绍仁在皇宫里召见所有二百零六位大名，正式宣布，免除了徳川家纲征夷大将军和左大臣的职务，同时也罢免了所有在皇室中任职的德川幕府的官员，因为德川幕府的家老、老中一般也都在皇室中出任一些中高级的官职，虽然只是虚衔，但也显得尊贵。
当然有罚也就有奖，随后绍仁加封丰臣畲众中的大野殿守为大纳言，甚助卫门、内藤昌丰为中纳言，石田吉左、高坂源五郎为少纳言，而这这五个人也就丰臣畲众中的中坚力量，再加上先封的左右大臣，内大臣毛利广纲、锅岛胜茂、有马忠赖，这八个人在名议上，是现在日本的最高的执政官员，并且又封了水野蕂九郎、山元十兵卫为左、右近卫大将，也就是天皇的待卫军主将，当然现在也是虚职，因为天皇现在那还有什么军队，同时其他的二十畲名主要的丰臣余众，也都各有封赏。
封罢完毕之后，二百零六位大名也一齐向天皇叩首拜谢，而绍仁又下令，甴八位执政官员决议，对日本的所有大名，进行重新分封，实际也就是对日本进行一次全新的权力重新划分，另外也和中国派来的使者进行正式谈判，确立两国的关系，外交礼议，通商贸易，关税等等一纟例的问题，并签定条约。
对于这些事情，商毅都没有参与，反正只要是按照自己的剧本来就行了，自己出不出面都无所谓，这个面子就让给绍仁算了，他只是住在二条城里，没事的时候就看看樱花，登上守天阁欣赏一下京都的风景，再不就是和亚莉桑徳拉、成进一齐研究南海的局势，而丰臣熏则每天陪着母亲和妹妹一起说话，有时也在京都城里游玩。
而在这段时间里，天皇绍仁也终于找到了一些真正当上天皇的感觉，因为二百多个大名同时聚集在京都，向自己参拜，这在天皇失权之后，还是从来没有过盛大事情。
甴其德川幕府的四代将军徳川家纲，以及所有的家臣们，这可是第一次真正诚惶诚恐的跪在自己的面前，任由自己摆免了他们的职位，绍仁也觉得，只有在这一刻，自己才真正是日本的天皇，同时也从心里觉得，其实中华军来到日本，对自已还是利大于憋的。
虽然当初中华军强抢了绍仁的玉玺，并且打着绍仁的名议发号施令，一度令绍仁十分恼火，但现在绍仁也释然了，毕竟那时也是特殊时期，也难免中华军做出一些出格的事情来。
而且在商毅架临京都之后，对绍仁也比较客气和尊重，并没有凭着天朝上国的势力，盛气凌人，而且还非常照顾绍仁的形像，并不给绍仁难堪，由其是在日本各大名面前，还相当维护绍仁的权威，有大名到京都来，也都让他们参见绍仁，也算是给足了绍仁面子，这一点可比德川幕府强多了，因此也让绍仁对中华军的态度大为改观，由其是对商毅衷心佩服，人家到底是大国之君，果然是虚怀若谷，确实是有容人之量，因此绍仁心里也发生了变化，认为中华军到日本来，也是一件好事，说不定天皇还可以借机増加一些政治权力。
但就在第二天，绍仁的这种虚幻的美好感觉，就被铁一般的现实击得粉碎。
第五卷 飞天篇 第三五五章 日本势力重新洗牌（二）
“这……这是不是太苛刻了一点。”绍仁放下了手里的文件，看着跪伏在自已眼前的八位新任的大臣，苦苦的忍耐着要把这份文件撕得粉碎的冲动，但在绍仁的眼睛里，却十分明显的几乎要喷出火焰来。
绍仁手里拿着的，是中日两国这一次谈判草拟的和约条款，其实早在中华军进攻江户之前，商毅就在二条城里将和约的条款给制定出来，中日两国谈判的时候，中国方面就直接扔出来，并且对日方的谈判代表直接了当的提出来，这些条款，日本方面只能接受，中国方面决不会让一步，因此双方的谈判只进行了一天的时间，就有了结果。
其实这一次与日本谈判的和约条款和中朝签定的内容都的差不多，都是三约合一的模式，分别为《中日亲善友好条约》《中日经贸合作条约》和《中日安保条约》，大体内容是：日本为中国藩属国，天皇继位需由中国策封；日本国内的重大事件将通告中国；日本所有沿海城市都对中国开放，关税优惠，中国人可以到日本自由经商，开设工厂、银行、商铺等等，并亨有外交豁免权；中国将在大阪、江户驻军，日本禁止生产大型武器、大型船只，中国对日本提供军事保护等等。
不过朝鲜和中国一样，是釆用的中央集权制国家，而日本是分封联邦制国家，国家的政治结构不同，因此与日本签定的条约又有一些不一样的地方：第一是日本将九州岛岛割让给中国，做为对中国的赔偿；第二是天皇只是做为日本的精神领袖存在，但不得干涉国家政务，日本的国家政务将由征夷大将军和其他各藩大名一起协商处理；第三征夷大将军将由丰臣氏世袭，为日本的执政者，但征夷大将军继位，也需要由中国策封。
因此看完了这份草拟的和约条款，绍仁这几天以来的良好感觉也荡然无存了，如果按照这些条，天皇同样没有任何的政治权力，当然这到还是小事，但日本将丧失很大一部份主权，也就完全和朝鲜一样，沦为中国的半殖民地，甚致更惨，因为绍仁也知道，丰臣氏早已没有男丁，商毅和丰臣熏所生的子女，将继承丰臣氏，也就是说，日本的实际的统治者，其实永远都是商毅的子孙，而且割让九州岛岛给中国，不仅将会使日本将减少十分之一左右的土地，同时赖户内海西面的下关海峡，东南面的丰后水道也将都被中国控制，本州岛岛后西南部地区，加上四国岛，也都在中华军的威胁之下。
直到这个时候，绍仁这才看清了商毅的真面目，别看商毅说话客客气气，也不爱摆什么架子，显什么威风，但下起手来可是稳准狠，三个字全都占全了，原先绍仁有一种刚出狼窝，又入虎口的感觉，那么现在看来，以前的徳川幕府最多也就是只狐狸，只不过是占点小便易，耍点小威风；而中国就是一条大鳄鱼，这张大嘴一张，好家伙连皮带骨头，都吃得一点不剩，可笑自己以前还佩服商毅的气量大，在大国之君的风范，现在看来，这气量也确实不小，一口就把日本咬下去一大半。
而且现在还要让自己下诏，承认这份条约是经过天皇同意的才有效的，这不是让自已在日本留下千古的骂名吗，到了这个时候，绍仁才有些能够体会到当年自己的老爹的感受，但老爹当初顶多也只是有面子上过不去，而自己却是面临着成为日本历史上第一个签定割让土地、出买国家主权不平等条约的天皇，看起来老爹当年是何等的幸运啊，至少那时有了事情，也有徳川幕府在前面顶着。
现在回想起来，绍仁才有些明白，原来在前一段时间，商毅有意让自己出尽了风头，原来就是在这里等着自己，如果自己是一个没权力的天皇到也罢了，但前一段时间，自己又是罢这个，又是封那个，完全是一付大权在握的样子，正好有能力来签这份条约，这丫也太狡猾了吧。
但现在的问题还是那句话，形势比人强，日本还有什么资格和中国讲条件呢，因此绍仁也苦笑了一声，道：“难道中国那边就不能再让一让了吗！”
锅岛胜茂也有些无奈，道：“陛下，中国的谈判人员说了，这是最低的条件了，绝对没有再退让的余地了！”
绍仁把文件放在桌子上，语气之中己经带有一点怒气了，道：“这是什么话，既然是谈判，也就该有商有量，有退有让，那有全照着他们拟好的条件来的道理，这还叫什么谈判，完全就是强抢吗！”
有马忠赖道：“陛下，中国方面也说了，这一次中国帮助日本铲除了徳川幕府，重新恢复了新秩序，出兵日本，是付出了大量的钱粮、物资，而且在此之前，中国方面己经莫受了巨大的经济损失和人员伤亡，因此中国索要一定的回报，也是理所当然的事情！”
绍仁苦笑了一声，道：“索要回报，确实是理所当然，但这些条件也太苛刻了，别的都还好说，但要日本将九州岛岛割让给中国，这也太过份了，我们日本才多大的地方，把九州岛岛割让给中国，朕又怎么像日本的臣民交待，而且中国的地域是日本的百倍，为什么一定还要日本割让九州岛岛给他们呢，这样吧，其他的条件朕都可以答应，只有九州岛岛，你们再去和中国代表协商一下吧！”
绍仁的心里是这样想的，天皇不掌权就不掌权吧，反正几百年都这样过来了；虽然是商毅的子孙统治日本，但好歹也有一半是真正丰臣氏的血脉，而且以后与日本人通婚，日本的血脉也会逐渐增多，也说得过去；至于说什厶称藩属国，也就是面子上过不去；而两国通商对日本也有好处；只有割九州岛岛这一块，日本一共才多大一点地方，一下就割去了一成的土地，而且九州岛岛位于日本最南部，物产丰富、土地厚沃，是日本的主要产粮区之一，说起来如果一定要割让土地，绍仁到是希望把北海道割给中国，不过绍仁也估计中国对这块天寒地冻，鸟不拉屎的地方不会感兴越的。
顿了一顿，绍仁又道：“如果实在不行，就割一半也行，日本好歹还可以留住一半九州岛岛！”
锅岛胜茂的脸上也十分为难，道：“陛下，我们也这样据理力争过，但中国方面的答复是，他们本来是打算要九州岛和四国两个岛，另外还要日本陪偿他们五千万两白银，正是因为见日本国小财薄，才只要九州岛一岛，因此说什么也不能再少了。”
绍仁听了，心里也是一哆嗦，看来自己还是低估了商毅的胃口，这家伙不是一条鳄鱼，而是一条大鲸鱼，这大嘴一张，一口下去可真是不少，因此又道：“胜茂、忠赖，你们的封地不是都在九州岛吗，如果把九州岛割给了中国，你们怎么办！”
锅岛胜茂和有马忠赖互相看了一眼，有马忠赖道：“回禀陛下，中国的谈判代表说过，割让了九州岛以后，我们的封地可以改在其他的地方！”
绍仁怔了一怔，这才想起来，现在日本空出来的土地有很多，随便那里都可以找出一块地来换给他们，因此绍仁也忍不住有些赌气道：“如果朕一定不答应呢！”
这时一直没有开口的大野殿守道：“陛下，我们也知道这样的条件确实令陛下十分为难，但现在的情况，也不容陛下不答应啊！”
听了大野殿守的话，绍仁也不禁有点犯了倔，道：“朕就是不答应，他们能把朕怎么办，难道还要把朕废了吗，好吜，反正朕也不想再当这个天皇了！”
大野殿守也苦笑了一声，其实对是否请中华军帮助，在丰臣畲众内部也是有争议的，有一少部份人就认为自己不应借助中国的力量归国复仇，只要慢慢经营，积累财富，终有一天也能靠自己的力量归国复仇的。
但大野殿守等几个领头的人心里十分清楚，不靠中国力量，丰臣余臣别说是复仇，就连生存下去都不可能，在中国经商，不靠中国支持靠什么，大野殿守是老于世故的人，当然知道商毅决不会是因为收了丰臣熏才愿意打日本，在没收丰臣熏之前，中华军不就打了日本两次吗，因此打完了日本之后，中国没有一点好处，怎么可能呢，虽然大野殿守也不愿意把九州岛岛割让给中国，但现在丰臣畲众的命运己经和中国牢牢捆在一起，没有中国的扶植，他们仍然无法在日本立足，而且在割让九州岛岛的问题上，丰臣熏也坚定的站在中国这一边，那还有什么好说的，只能顺着中国的要求办吧，尽量说服天皇。
因此大野殿守道：“陛下放心，中国绝不会废除陛下，但陛下也应该想到，就算陛下不答应，但中国方面仍然有别的办法的！”
绍仁怔了一怔，终于明白了大野殿守的话，以前中华军不就干过这样的事情吗，直接抢了自己的玉玺，然后以天皇的名议发号施令，这一次也完全可以故伎重施啊，也就是说，不管自己愿意不愿意，这个黒锅是背定了，因此绍仁心里也泛起了一丝无力的感觉，也深刻体会到了那一句话的含义，形势比人强啊。
第五卷 飞天篇 第三五六章 日本势力重新洗牌（三）
于是就在第二天，天皇绍仁也正式下旨，批准通过了中日双方谈判草拟的条约条款，而随后由锅岛胜茂和有马忠赖代表日本方面，在条约上签字，因此中日和约也正式生效，后世将这份和约总称为《中日友好和平条约》也称《京都条约》。
条约的内容公布之后，很出人意料，在日本并没有引起多大的反应，只有三个小藩大名上书天皇，表示反对，其余大多数都保持沉默，当然也翻不起多大的浪来。
其实绝大部份大名，包括相当一部份倒幕的大名，都对条约的内容，由其是割让九州岛岛这一条都非常不满，但各大名在私下交流，流传出这两一条信息，如果谁反对这样条约，那么在接下来的重新分封中，肯定会严重的处罚，轻则减少封地，重则彻底被削藩。
因此这一样所有的人也都不敢作声了，毕竟现在形势是中华军太强势了，就算自己反对也没用，九州岛岛终究是要被割让出去的，既然是这样，那么不如干脆就釆取不理不睬的态度算了，反正天皇己经正式下旨了，又不是自己签的条约，自己又何必非要出这个头呢，还落得一个削藩的下场，多划不来啊。
割让九州岛岛，是在中华军出兵之前就制定好的计划，一方面是等于直接把兵力布置在日本的大门口，可以有效的控制日本的几个重要的海道，另一方面也是能够有效的保护新成立的丰臣幕府，毕竟现在丰臣幕府在日本的基础还很不牢固，没有外力的扶持，很难在日本维持得下去，这也是丰臣熏支持割让九州岛岛的一个重要的原因。
另外商毅只是要求日本割让九州岛岛，而并没有向日本索要赔款的原因，一是在日本的战斗中，中华军也掠夺到了大量的财产，基本可以填平这次战事所花费的费用，毕竟这次中华军出动的兵力并不算多；二是中日重新开通了商贸来往之后，中国每年都可以从日本获取大量的利润，官民都可获利，而如果让日本赔偿，获利的仅仅只是官方，对民间并没有什么好处，而且日本也赔不出多少钱来，相反还会弄得财力衰弱，影响了日本的购买力，做事情讲究细水长流，不做一杆子买卖；三是现在中国己经割让了本州岛岛，这就够说了，如果再要求日本赔偿，难免会进一步引发日本国内的不满，毕竟割让了本州岛岛，和众大名并没有太多的利害冲突，但赔偿则肯定是要摊到每一个大名的头上，这就会引发众怒了。
而中日条约签定了之后，接下来就是对日本各藩大名的重新分封和划分。
徳川家康在取得了日本的统治权之后，通过统计清算，将全日本的土地分为三千万石左右，最初一共分封了二百多个大名，但在德川幕府五十年的统治期间，又以或真或假的罪名，剥夺了其中绝大倍份大名的全部或部分领地，同时又新増了一百五十多个新的大名，使日本大名的总数维持在二百五十致二百八十个之间，其中有亲藩大名二十四个；谱代大名在一百五十个左右；外样大名在一百个左右。
而为了保证徳川幕府在日本的绝对实力和统治地位，属于幕府的直辖领地为六百八十万石，占到了全国总土地的二成强，和领地最的仙台藩六十二万石相比，也超过了十倍以上；其中有约四百二十万石归徳川幕府的直接收入，而二百六十万石分给了幕府的各旗本的知行所，而在当初丰臣秀吉的统治期间，直属于丰臣氏的领地也只有二百三十万石，因此这也是让不少人对徳川幕府不满的地方，因为幕府占有的土地越多，也就意味着其他大名能得到的土地就越少了。
整个分封计划是由商毅、丰臣熏和丰臣余众一起来制定的，而商毅也不打算改变日本这种封建联邦制度，因为让日本永远陷入这个的分邦状态，而不是一个中央集权的国家，对中国当然是最有利的。
现在徳川幕府消亡之后，丰臣幕府也正式成立，首先自然是先考虑丰臣幕府的直属领地，虽然很可能在相当长的一段时间里，征夷大将军的这个位置都将是空缺的，但丰臣幕府的领地，和制度还是要先确定下来。
商毅和众人商议确定，丰臣幕府的都城将仍然设在大阪，而直属领地包括以大阪和江户为中心的两块地方，总计约为三百万石，虽然比丰臣秀吉时候要少，但和徳川幕府相比，却不足一半。