后来远在大陆的“老上级”赵继统给他去了一封信，点明他“威势震主”，应知居高思危之道，把谍报大权推给蒋经国。
彭孟缉这才慢慢开了窍，在一次谒见蒋介石时，谦称自己德薄才浅，不堪膺此重任，恳请另荐贤能如经国先生，来“台湾情报工作委员会”。就此，蒋经国正式接管谍报机构。
蒋氏父子当然视彭孟缉为功臣，待他甚厚，后晋升其为一级上将，国防部长等职。
在利用彭孟缉“清道”的同时，蒋介石父子对付毛人凤的另一招，是重建“总统府机要室资料组”，“资料组”主任自然是蒋经国（赵继统以前担任的工作）。
这样，借助“资料组”，蒋经国统辖台湾谍报系统的合法性有了保障；借助“台湾情报工作委员会”，蒋经国又有了统辖台湾谍报系统的实权，蒋经国便成了名副其实的台湾“特务头子”，同年7月又担任中国国民党中央改造委员，正式了进入国民党的决策层。
将保密局“收归国有”。用什么手段能达到这个目的？遵从“旨意”，紧跟其脚步的老特务郑介民向他献了一计：开办训练班，召训新生及复训保密、内调两局现有干部；在此基础上，将两局人员混编，以打破两局长期以来的半敌对状态，建立现代谍报体制，结束私人割据的局面。
这是对谍报系统的根本改革，也是对毛氏的“独立王国”的根本动摇，此事非同小可，蒋经国岂敢擅自决定，必须蒋介石点头。而要蒋介石点头，并不是一件容易的事。
毛人凤败退台湾后，曾向一个密友透露过自己的做官秘诀全在忍、等、狠三字。人说毛人凤像龟，取的就是他能屈能伸的性格。别人当众搧他耳光，毛人凤微笑自若，蒋介石脱下鞋帮往他脸上乱打，毛人凤说这是领袖的爱戴，心字头上一把刀，毛人凤坚信忍能避祸，也能为升官发财铺好路径。
可不知为什么，原先一直不插手保密局的内部事情的蒋经国开始三番五次的找毛人凤的事情，毛人凤内心十分不满。除了蒋经国，蒋介石也经常找毛人凤的麻烦，一是因为蒋介石兵败，如今偏居一隅，内心肯定十分失落，二来毛人凤虽然一直跟着戴笠干事，但其实只是个打下手的，有些事情根本不熟悉，这让本就火大的蒋介石看起来更是气愤，天天教训毛人凤，毛人凤两面受挫，内心郁闷之极。
毛人凤迫切想要改变在蒋介石心中的地位，他手下的杜长城给毛人凤出了一个馊主意，让毛人凤去绑架蒋经国，然后去找蒋介石索要巨额赎金，毛人凤在出面救援，最后救出了蒋经国，这样不但教训了蒋经国，而且还可以改变在蒋介石心目中的形象，一举两得，毛人凤觉得甚是在理，一拍脑袋就答应了。
杜长城算是一个知名人士，曾在四平战役中立有“战功”。国民党逃离大陆时，杜任国防部技术总队队长，负责破坏各种设施，阻滞解放军前进；抵台初期，在“保卫大台湾”的口号下，技术总队又设计出在海水中遇敌自动升起爆炸的多种**，备受毛人凤赞赏。