在恩加诺岛东南海域，南云也接到了侦察机发回的电报，攻击明古鲁的日机发现马绍尔舰队的踪迹，其中部分还未完成投弹的轰炸机调转方向，改向德国舰队发动进攻。根据情报，德国舰队中有四艘航空母舰，但却并没有派出轰炸机对他进行进攻。
这种情况让他的航空作战参谋原田中佐十分紧张，这很容易让人联想到去年发生的北大西洋海战时的情景。在那场海战中，也是担任吸进英国人注意力的德国舰队没有发动反击，而是全力派出战斗机进行舰队的防御，而是由另外埋伏的奥匈航空舰队首先发动的进攻。在那场海战中，英国人损失了他们大部分的航空母舰，从而丧失了海洋的控制权。
说实在的，大部分在南洋作战的日本海军将领对于海军部制订的这项海上反击作战计划都颇有微词。日本海军实力不足，本身离开了岸基作战飞机的保护去主动出击，本身就存在着很大的风险。
现在南云海军中将确实处于进退维谷的境地。
从第一波攻击的战机发回的报告来看，敌人护航的战斗机数量很多，有二十六架零式战斗机保护的三十多架轰炸机对敌人的攻击并没有取得多少成果，只有十几架飞机冒险突破了敌人的防线，匆忙进行了投弹，可能有一艘敌人的航母被炸弹命中（实际上命中的是一艘飞机运输船，马绍尔手上的航空母舰依然完好无损）。
现在南云要作出决断，敌人有六艘航空母舰（日本飞机把两艘甲板上停满飞机的运输船也当成了航空母舰），实力要远超过了他，实际上他现在必须要首先攻击这些敌舰。可是，立刻发动第二波攻击，还存在很严重的障碍。为了防止敌人的袭击，为第二波攻击进行护航的全部48架零式战斗机都已经起飞，正在舰队上空进行战斗巡逻。
现在南云真正可用的力量只有“飞龙号”和“苍龙号”的三十六架俯冲轰炸机和四十八架鱼雷机了。如果他派出轰炸机对敌特混舰队施以先发制人的攻击，它们没有战斗机掩护，它们很容易成为灵活快速的敌人战斗机的活靶子，遭受严重的损失。
南云在犹豫，此时永友少佐指挥的第一攻击波已经完成对明古鲁登陆场的轰炸归来，这些飞机需要在航母上降落，这更需要南云迅速作出决断。就在这生死关头，他属下的第二航空母舰战队司令官山口多闻海军少将向南云海军中将提出一项紧急建议。山口的旗舰“飞龙号”离“赤城号”还有相当距离，他在舰上收到了“利根号”搜索机连续发来的侦察报告，却迟迟不见南云下达立即攻击的命令，他感到这样是既不明智也又危险的事。于是他指示为他护航的“野分号”驱逐舰向南云海军中将转发了他的电报：“我认为应该立即命令攻击部队起飞。”
那位把电报交给南云的通讯官根本不敢正眼看着他已经变得铁青的脸，在世界上任何国家海军中，下属在作战中拍发这样的电讯会被看作是对上司侮辱行为，因为这表示他在怀疑上司的指挥能力；在日本帝国舰队中，这可是胆大妄为，自杀性的冒犯。
山口的电报起到的效果适得其反，南云马上干出截然相反的事来：命令把在甲板上所有准备作战的飞机——包括山口舰队手下的飞机——送下机库，清空飞行甲板，并指示整个机动舰队的航空母舰准备回收飞机。
实际上日本舰队的结果从他们驶出巽他海峡的那一刹那就已经决定了，本身航空母舰数量就少一半，加上又调走了最强的第五航空战队，南云手上的五艘航母只有310架飞机，而他的对手，轴心国联合舰队却拥有超过1200多架作战飞机，从实力的对比上，轴心国舰队足以吊打整个南云舰队。
南云的决定无非是加快了日本机动舰队的覆灭速度而已。