攻占衢州后，下一站就是明教教徒们的圣地和黯然伤神之地，睦州。
虽然童贯官军疯狂镇压，但明教在此传教深入人心，明教如离离原上草，方百花带着齐军来到如春风吹拂，使得他们复生。睦州的分水、桐庐、遂安、清溪等地潜伏起来的明教教徒纷纷呢揭竿而起响应方百花大军的到来，关胜军跟方百花军在清溪会师，自此苏浙地区的征伐战争告一段落，随后就是平定恶霸地主的叛乱，等苏浙局势平静下来，这两支陆军就会迎来新的使命，前去攻打福建和江西等地，不过那是一二年后的事情了。
一路南下打下这么多州县，如果让目不识丁的方百花去主持整顿地方政务，怕要累死她也搞不清楚状况，幸好齐军内的编制时各司其职，地方的军政编制、政治宣传、轻度土改等一系列事情自有富有经验的各级参军负责，方百花这些将领只管招兵编制和训练。
在攻打淮西和苏浙等地时，每一路人马在攻占每个县城后根据那里的繁华程度放上一千或二千人马，在州府驻所一般放上二千或四千人马，有富有经验的团级参军带领，这些驻兵的任务是做例行发展公事，即政治宣传、从村开始进行军政编制、做轻度土地改革。而军队缺员的要在当地补齐，招起来的新兵一开始只做辎重兵之类的，随后根据训练经历和战斗经验再慢慢转为战斗兵，所以他们每到一个县城都要做一次整顿，不过齐军都形成了一整套的整编程序，按着流程走，也不是很耗费时间。那些完成地方任务将地方防务交给地方警卫军的禁卫军人马日后将前去新的禁卫部队或警卫军部队担任基层军官职位，他们在实践中受到锻炼后，有些甚至可以弃武从文安排在当地复员做行政职位。
关胜、方百花他们在苏浙这明教旧地征讨，之所以那般容易，有赖于潜伏起来的明教信徒的配合，而他们攻城拔寨后略有损失也能很快恢复，也多亏明教信徒的参加。
如此算来，王寅和方百花这两支军队中大部分是明教信徒，而关胜军中有一小部分也是明教信徒，这样如何不让卢俊义忌惮，万一明教信徒为了明教的利益在他的地盘再度造反。
一方面，卢俊义敕令情报总署安插在军队内部的特工密切留意明教将领，如有那位将领有谋反自立的倾向即可禀报给卢俊义并予以捉拿或就地正法。因卢俊义将方杰任命为陆军第一军副军长，牢牢地将此人控制在身边，其他明教教徒投鼠忌器而不敢妄动。
另外一方面卢俊义将明教的部分教义也吸收进玄教的教义里面，如提倡节俭，同党相亲，通财互助，追求光明、善良、俭朴、友爱，至于那些拜日月以为真佛、不会宾客、禁断荤酒、死则裸葬的让中土人难以接受的就让明教人继续玩吧，这样只会信徒越来越少，大部分信徒还是冲着光明、善良、俭朴，尤其是冲着通财互助而去的，既然教义更加完善合乎人性的玄教就有了，何必再去信你这个明教。
另外卢俊义只支持玄教传教，明教传教就靠那些残部。没有政府的支持，光靠方杰和方百花这些空有勇力却无智慧和蛊惑力的明教高层无力重振明教，只会看着明教信徒越来越少。根据卢俊义的敕令，信徒可以改信玄教，明教不得干涉，慢慢地明教信徒越来越少，尤其是经张继先和罗璝两个高人的现身说法和道法传授利诱之下，大部分明教将领都改信了玄教，最后只剩下方百花和方杰二人万般无奈之下最后也放弃了明教的信仰，转而信奉了玄教。原来的明教信徒有三百多万人，经童贯镇压，只剩下了不到一百万人，再过五年，只剩下十万人，再过五年，明教已经成为了历史，毕竟后来众人都知道它是异族宗教，按照玄教的教义，信奉异族宗教者永远没有机会入天国，只有下地狱的份，除非改信玄教。(未完待续，如欲知后事如何，请登陆<a href="<a href="http://"" target="_blank">http://"</a> target="_blank"></a>，章节更多，支持作者，支持正版阅读！)