特工们为了能够抓住背后的船长墨菲斯，用尼奥做诱饵引其出动。毕竟船长墨菲斯才是这帮特工们的头号敌人。不过可惜，墨菲斯老奸巨猾，只是派了崔妮蒂找到了尼奥。
崔妮蒂也是个黑客当然知道尼奥已经被特工们种上了跟踪器。如果连跟踪器都不能对付那真不配坐黑客了。于是崔妮蒂很轻松的搞定了尼奥的追踪器。辗转数里将其带到了墨菲斯的面前。
墨菲斯告诉尼奥，他们生活在一个虚拟的空间内。这个空间被命名为矩阵。原来人类的真正的历史已经进入到了20xx年。人类在过去发明了ai（人工智能），然后机械人叛变，与人类爆发战争，人类最后失败了。这有点儿像施瓦辛格的《终结者》，人类制造了天网，天网叛变与人类爆发了旷日持久的战争。
迫不得已的情况下，人类使用了特殊的装置把整个天空布满了乌云，想以此切断机械人的能源(太阳能)，谁知机械人又开发出了新的能源---生物能源，就是利用精子库还有基因工程，制造出了一批人类。然后把他们接上矩阵，让他们在虚拟世界中生存，以获得多余的能量，尼奥就是其中一个。这些人类从出生到死亡都已经设置好了。而且人类生活的年代永远都是1999年这个虚拟的世界里。
抓他的那些戴墨镜的人是特工，是矩阵制造出来的杀毒程序而不是真正意义的人。所以矩阵赋予了超越常人的能力。他们可以改写人类角色程序的能力，只要不是黑客都有可能被他们强制性的转生成本体。
尼奥也在莫菲斯的指引下，回到了真正的现实中，逃离了矩阵，并加入了人类反抗组织，在莫菲斯训练下，渐渐成为了一名厉害的“黑客”，并渐渐展露出与其他黑客的不同之处。尼奥的成长速度很快，让莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在这个时候，人类反抗组织出现了叛徒，出卖了黑客，莫菲斯被杀毒软件特工们抓走了。杀毒特工们为了获得更多的信息，将那些反抗组织的人一网打尽，对墨菲斯进行拷问。不过尼奥这人比较的重义气，于是救出了莫菲斯，但在逃跑过程中，被矩阵的“杀毒软件”特工史密斯杀死，结果反而让尼奥凤凰涅槃重生成为真正的救世主，并把在矩阵无所不能的特工杀死了（删除了）。从此，人类与机械的战争，进入了一个新的时代。
丁峰撇嘴道：“老套的故事！”
张局长狼狈为奸道：“对，没错，一听开头我就知道结尾。”
“俗，俗不可耐！”
王小二冷哼道：“你们可不要以为这是一个简单的剧情，这次剧情可是团战。”
“团战？”这对于老鸟和菜鸟来说都是没有经历过的模式。所以一个个脸上浮现出不同的表情。有的则是对未知事物的恐惧，有的则是嗤之以鼻。
“啥意思？”