青涩而又苦涩的故事就这么徐徐展开，冬天的季节，冬天的分别即将来临。
第二话《宇航员》——中学二年级的第一天，澄田花苗看到从东京转校过来的远野贵树时，就已经喜欢上他。无论上课时还是放学后，甚至带狗在海边散步时，花苗都会在视线的一角寻找他的身影。
这也是所有人青春中的一幕吧，即便是独自一人，也不往搜寻那个人的身影，害怕自己的世界里面再也没有那个人了。
可是没有悲伤和苦涩的青春就不算是青春，仿佛应验了这句话一样，两个人之间的关系在潜移默化之中慢慢改变了。
在佐佑看来，第二话中的女主角澄田花苗固然坚强，但却缺少抓住贵树衣角的勇气，这也是后面故事发生的诱因吧，她找到了属于自己的勇气。
为了和贵树在同一所高中而拼命温习，虽然合格了但还是没有向他告白的勇气，一直都暗恋着贵树。1999年，高中三年级的夏天，不但受姐姐影响而在高中开始的滑浪陷入了低潮，而且也决定不了毕业后的出路。
虽然花苗对贵树的思念愈来愈强烈，但只是为了装作偶然遇上而一起回家。在高中生活只剩下半年时，感到焦急的花苗做了一个决定：能够在滑浪时再次站起来的那天，就向贵树表白。
然而，花苗开始努力，开始寻找到属于自己的勇气。
第三话《秒速五厘米》——整个故事的中心以及结尾。
2007年的东京，远野贵树在从事系统工程师的工作，过着忙碌的日子。出来社会工作后，季节和季节、年和年之间的区分变得**起来，不知不觉就过了数年。那年年尾，贵树和交往了3年的水野理纱分手了。
2008年，贵树在春天来临前辞职了。他既觉得有无数的理由要他这样做，同时又觉得能令自己接受的理由其实一个也没有。
这或许就是失去了某种目标，某个动力的情况吧，也是出入社会之人经常出现的迷茫。
社会总是会产生许多的束缚，让人踹不过气来，感到压抑以及忧郁。
这就跟从高中进入了大学一样，本以为会有不同的事情发生，有不同的故事，可是实际上没有改变，还是跟以前那般，人生慢慢的度过。
既没有小说般的生活，也没有动画般的邂逅，这才是真正的人生。
不久空气慢慢变得暖和，樱花的季节也到访东京。在一个恬静的平日，中午过后，贵树披上薄外套，走在街上。经过铁路平行道时，与迎面而来的女子擦肩而过的瞬间，猛然想起那是多年未见的明里。当走过铁道回过头时，却被疾驰而过的小田急线列车挡住了视线……
整个故事或许是想要表达——曾经纯真的感情并不会随着时间的流失而消逝。即便这种感情因为种种原因没有得到完成，但它必定会是心里美丽的一段回忆。而龟缩于以往的伤痕中，不敢接受新的幸福，只会使心越来越苍老，最后慢慢死去；回忆像酒，少许你便可觉得那其中的甘美，如果滥喝沉迷其中，只是一个神智不清的酒徒。
秒速五厘米，一个美妙的邂逅，也是一个美妙的青春颂歌以及对幸福真正的阐述。