除了动力系统，‘南明’级航空母舰的另外一大亮点就是它的舰载机。由于喷气式飞机的成熟，舰载机自然也换成了喷气式的。
由于喷气式飞机更大，同样的航母上所能携带的飞机也就少了很多，因此为了便于后勤维护提高战力，中华海军采用通用型的舰载机模式，除了四架双发的‘鹰眼’式预警机和八架用于反潜的黄蜂式直升机，航母上只有一种飞机，旗鱼2型舰载机。
旗鱼2型舰载机是一款多用途战斗机，它全长十九点二米，翼展十一点七七米，高五点零二米，飞机空重十三点七吨，最大起飞重量二十八吨，它使用两台加力式涡轮喷气发动机，单台推力八千一百二十公斤，换算过来也就是七千二百二十马力，这已经大大超出了螺旋桨飞机所能拥有的马力数，最大速度也因此达到了一点二马赫。
此外机体内的油箱与加厚的后掠式机翼中的油箱相配合，一共可以携带九千八百二十二升燃油，这让它的飞行半径达到了九百八十公里。此外这种飞机安装有一门二十三毫米机炮和两挺十二点七毫米机枪，机翼下拥有九个外挂点，以携带火箭弹、副油箱、各类炸弹，或是中华帝国最新的霹雳系列空对空导弹。
为了有效使用导弹，飞机还装备了机载计算机和无源相控阵雷达，使它的探测距离达到了六十公里，刚刚好配合霹雳3型中程空对空导弹的射程。
这种飞机不但装备了海军也装备了空军，飞机分为a/b/c/d四个型号，其中的a型是基本战斗型，它一般装备海军的岸基航空兵和空军，而空军型号为金雕5型。
b型是双座教练型一般不装备部队，c型则是攻击型，它加强了下视雷达，并加强了武器挂架，使其能够挂载重量较重的大威力电视制导炸弹和重型鱼雷，作为对地和对海攻击机，这种飞机主要装备海军航空母舰和陆军攻击机联队，陆军型号也改为秃鹫2型。d型则是专门配备了电子战装备的电子战飞机，主要用于对敌方通讯和雷达信号的干扰。
而在‘领袖’级航空母舰上就配备有四架预警机，八架直升机，六十六架旗鱼2c型飞机和八架旗鱼2d电子战飞机。为了让这些更大更重的喷气式飞机安全的在航母上起降，‘南明’级航母首次安装了斜角飞行甲板、三个升降机、四个蒸汽弹射器和三道拦阻索。这一型航空母舰方睿君直接下令建造十二艘，除了替换三艘‘将军’级航母之外，还将再组建九个航母编队。
而航母编队的配置也做了相应调整，以前的每个航母编队只有十二艘‘清江’级驱逐舰，而在重新配备之后，每个航母编队将由两艘航母组成，随行的将是六艘‘眉山’级巡洋舰和二十四艘‘清江’级驱逐舰，以及四艘海狼3型潜艇和五艘三点五万吨的平湖级综合补给舰，有时候还可以带上两艘玉山级船坞登陆舰，作为两栖作战和反潜之用。
除此之外，为了配合新型航空母舰的航程，方睿君希望在这些编队中的‘眉山’级巡洋舰将动力系统改成一座金属氢反应堆，但最终因为和潜艇同样的反应堆体积过大的问题而作罢，不过‘清江’级驱逐舰却成功加装了四个红旗1型防空导弹发射管，两门超高速近防炮，并用两个反潜火箭深弹发射器取代了普通的抛射型深水炸弹系统。
相对于海军的大规模造舰，中华帝国空军和陆军的装备改变就要少的多了，国防军空军主要是淘汰了老旧的金雕3型战斗机，改用金雕4型喷气式战斗机，而近卫军空军则秘密的将金雕4型战斗机改成了金雕5型，此外鲲鹏2型轰炸机在哥萨克帝国战场经过试用，军方发现其载弹量和航程还是不甚力量，因此他们也改成了鲲鹏3型轰炸机。