却说张居正既握朝纲，一意尊主权，课吏治，立章奏，考成法，定内外官久任法。百司俱奉法守公，政体为之一肃。两宫太后，同心委任，凡遇居正进谒，必呼先生，且云皇上若有违慢，可入内陈明，当为指斥云云。于是居正日侍经筵，就是讲解音义，亦必一一辨正，不使少误。某日，神宗读《论语乡党篇》，至“色勃如也”句，“勃”字误读作“背”字，居正在旁厉声道：“应作勃字读。”神宗吓了一跳，几乎面色如土。同列皆相顾失色，居正尚凛凛有怒容。后来夺官籍家之祸，即基于此。嗣是神宗见了居正，很是敬畏。居正除进讲经书外，又呈入御屏数幅，各施藻绘，凡天下各省州县疆域，以及职官姓名，均用浮签标贴，俾供乙览。一日讲筵已毕，神宗问居正道：“建文帝出亡，做了和尚，这事果的确否？”居正还奏道：“臣观国史，未载此事，只闻故老相传，披缁云游，题诗田州寺壁上，约有数首，有‘流落江湖四十秋’七字，臣尚记得。或者果有此事，亦未可知。”神宗叹息数声，复命居正录诗以进。居正道：“这乃亡国遗诗，何足寓目！请录皇陵石碑，及高皇帝御制文集，随时备览，想见创业艰难，圣谟隆盛呢。”神宗称善。至次日，居正即录皇陵碑文呈览。神宗览毕，即语居正道：“朕览碑文，读至数过，不觉感伤欲泣了。”居正道：“祖宗当日艰难，至于如此。皇上能效法祖宗，方可长保大业哩。”乃申述太祖微时情状，及即位后勤俭等事。神宗怆然道：“朕承祖宗大统，敢不黾勉，但也须仗先生辅导呢！”由是累有赏赐，不可胜纪。最著的是银章一方，镌有“帝赉忠良”四字。又有御书匾额两方，一方是“永保天命”，一方是“弼予一人”。
居正以在阁办事，只有吕调阳一人，不胜烦剧，复引荐礼部尚书张四维。四维尝馈问居正，四时不绝，所以居正一力荐举。向例入阁诸臣，尝云同某人等办事，至是直称随元辅居正等办事。四维格外谦恭，对着居正，不敢自称同僚，仿佛有上司属吏的等级，平时毫无建白，只随着居正拜赐进宫罢了。卑屈至此，有何趣味。惟四维入阁后，礼部尚书的遗缺，就用了万士和。士和初官庶吉士，因忤了严嵩，改为部曹，累任按察布政使，并著清节，及入任尚书，屡上条奏，居正颇嫉他多言。会拟越级赠朱希忠王爵，士和力持不可，给事中余懋学，奏请政从宽大，被居正斥他讽谤，削籍为民。士和又上言懋学忠直，不应摧抑，自遏言路。种种忤居正意，遂令给事中朱南雍，奏劾士和，士和因谢病归休。
适蓟州总兵戚继光，击败朵颜部长董狐狸，生擒狐狸弟长秃，狐狸情愿降附，乞赦乃弟。继光乃将长秃释回，酌定每岁贡市，一面由巡按辽东御史刘台，上书奏捷。居正以巡按不得报军功，劾台违制。台亦抗章劾居正，说他擅作威福，如逐大学士高拱，私赠成国公朱希忠王爵，引用张四维等为爪牙，排斥万士和、余懋学等，统是罔上行私的举动，应降旨议处等情。居正自入阁秉政，从未遇着这种弹章，见了此疏，勃然大怒，当即具疏乞归。神宗急忙召问，居正跪奏道：“御史刘台，谓臣擅威福，臣平日所为，正未免威福自擅呢。但必欲取悦下僚，臣非不能，怎奈流弊一开，必致误国。若要竭忠事上，不能不督饬百官。百官喜宽恶严，自然疑臣专擅。臣势处两难，不如恩赐归休，才可免患。”说至此，随即俯伏，泣不肯起。无非要挟。神宗亲降御座，用手掖居正道：“先生起来！朕当逮问刘台，免得他人效尤。”居正方顿首起谢。当下颁诏辽东，逮台入京，拘系诏狱，嗣命廷杖百下，拟戍极边。居正反上疏救解，故智复萌。乃除名为民。未几，辽东巡抚张学颜，复诬劾台匿赎锾，想是居正嗾使。因复充戍浔州。台到戍所，就戍馆主人处，饮酒数杯，竟致暴毙。这暴毙的情由，议论不一，明廷并未诘究，其中弊窦，可想而知，毋庸小子赘说了。不说之说，尤胜于说。
到了万历五年，居正父死，讣至京师。神宗手书宣慰，又饬中使视粥止哭，络绎道路，赙仪格外加厚，连两宫太后，亦有特赙，惟未曾谕留视事。时李幼孜已升任户部侍郎，欲媚居正，首倡夺情的议论。冯保与居正友善，亦愿他仍然在朝，可做外助，遂代为运动，传出中旨，令吏部尚书张瀚，往留居正。居正也恐退职以后，被人陷害，巴不得有旨慰留，但面子上似说不过去，只好疏请奔丧，暗中恰讽示张瀚，令他奏留居正。瀚佯作不知，且云：“首相奔丧，应予殊典，应由礼部拟奏，与吏部无涉。”居正闻言，很是愤恨。又浼冯保传旨，责瀚久不复命，失人臣礼，勒令致仕。于是一班趋炎附势的官员，陆续上本，请留首辅，奏中大意，无非把移孝作忠的套话，敷衍满纸。移孝作忠四字，岂是这般解法。居正再请终制，有旨不许。又请在官守制，不入朝堂，仍预机务，乃邀允准。连上朝都可免得，是居正死父，大是交运。居正得遂私情，仍然亲裁政务，与没事人一般。
会值日食告变，编修吴中行，及检讨赵用贤，刑部员外郎艾穆，主事沈思孝等，应诏陈言，均说居正忘亲贪位，炀蔽圣聪，因干天变云云。居正得了此信，愤怒的了不得，当下通知冯保，教他入诉神宗，概加廷杖。大宗伯马自强，急至居正府第，密为营解。居正见了自强，略谈数语，便扑的跪下，带哭带语道：“公饶我！公饶我！”自强正答礼不迭，忽闻掌院学士王锡爵到来，居正竟踉跄起身，趋入丧次。锡爵径至丧次中，晤见居正，谈及吴、赵等上疏，致遭圣怒等事。居正淡淡的答道：“圣怒正不可测哩。”
锡爵道：“圣怒亦无非为公。”语尚未讫，居正又跪倒地上，勃然道：“公来正好！快把我首级取去，免致得罪谏官！”一面又举手做刎颈状，并道：“你何不取出刀来？快杀我！快快杀我！”好似泼妇撒赖。锡爵不防到这一着，吓得倒退倒躲，一溜烟的逃出大门去了。马自强亦乘势逃去。隔了数日，吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人，同受廷杖。侍讲于慎行、田一俊、张伭、赵志皋，修撰习孔教、沈懋学等，具疏营救，俱被冯保搁住。进士邹元标，复上疏力谏，亦坐杖戍。南京御史朱鸿模，遥为谏阻，并斥为民。且诏谪吴、赵、艾、沈四人，吴中行、赵用贤即日出都，同僚相率观望，无一人敢去送行，只有经筵讲官许文穆赠中行玉杯一只，用贤犀杯一只，玉杯上镌着三语道：
斑斑者何？卞生泪。英英者何？蔺生气，追追琢琢永成器。
犀杯上镌着六语道：
文羊一角，具理沈黝，不惜刻心，宁辞碎首？黄流在中，为君子寿。
古人说得好：“人心未泯，公论难逃。”为了居正夺情，各官受谴等事，都下人士，各抱不平。夤夜里乘人不备，竟向长安门外，挂起匿名揭帖来。揭帖上面，无非是谤议居正，说他无父无君，迹同莽、操。事为神宗所闻，又颁谕朝堂道：
奸邪小人，藐朕冲年，忌惮元辅，乃借纲常之说，肆为诬论，欲使朕孤立于上，得以任意自恣，兹已薄处，如此后再有党奸怀邪，必从重惩，不稍宽宥，其各凛遵！
这谕下后，王锡爵、于慎行、田一俊、沈懋学等，先后乞病告归。既而彗星现东南方，光长竟天，当下考察百官，赵志皋、张袴、习孔教等，又相继迁谪，算作厌禳星变的计划，这正是想入非非了。越年，神宗将行大婚礼，令张居正充纳采问名副使。给事中李涑，奏称居正持丧，不宜与闻大婚事，乞改简大臣。神宗不允，传皇太后谕旨，令居正变服从吉，居正遂奉旨照办。等册后礼成，方乞归治葬。神宗召见平台，特赐慰谕道：“朕不能舍去先生，但恐伤先生孝思，不得已暂从所请。惟念国事至重，朕无所依赖，未免怀忧。”居正叩首道：“臣为父治葬，不能不去，只乞皇上大婚以后，应撙节爱养，留心万几。”说毕，伏地恸哭。恸哭何为？无非要结人主。神宗亦为之凄然，不禁堕泪道：“先生虽行，国事尚宜留意。此后倘有建白，不妨密封言事。”居正称谢而起，进辞两宫太后，各赐赆金，慰谕有加。