当然战斗并没有结束，一些不甘心失败的日本人，仍然在各地有组织的进行抵抗。东征军总司令王靖随即下达平叛令，剿除这些流窜各地的土匪武装。战斗到1903年初，各地的主要反抗势力基本被剿灭。虽然仍有一些小股叛军流窜各地，但是已经对我军构不成什么威胁了。
1902年12月16日。华夏帝国正式于日本签订停战协议。根据这份协议规定，日本向永远臣服于华夏帝国，成为华夏帝国属国。
1903年1月1日，日本明治天皇下诏宣布废除皇帝称号，同时正式向华夏帝国上表称臣。华夏帝国圣武皇帝任超随即下诏册封明治天皇为日本国国王，并赐金印一枚，至此日本沦为华夏附属国。
按照停战协定，日本将九州岛割让与华夏帝国和朝鲜王国，其中九州岛西北部沿海地区割让给朝鲜王国，其余并入华夏帝国版图。华夏帝国建立之后。琉球国王上表请求并入华夏。任超欣然同意，琉球并入华夏，琉球国王仍然被封为琉球王，享受亲王待遇，但是琉球国领土全部并入华夏版图。九州岛大部分领土并入华夏之后，华夏帝国随即建立琉球省，辖地包括原琉球王国及九州岛西南部地区。
关于赔款，经过协商日本需赔付华夏帝**费四亿元华夏币，朝鲜王国五千万华夏币。分二十年还清。华夏帝国允许日本保留维持其经济所必须及可以偿付货物赔款之工业。但是其军工产业，甚至是炼钢，造船等产业受到了严格的限制。各军工厂之设备全部被拆卸运往华夏，日本只被允许生产工业所需的**。甚至连子弹都不能生产，更别说是步枪火炮之类的武器了。钢铁厂，造船厂也基本上被华夏所控制，日本的钢产量受到了严格的控制。反正日本也没有什么铁矿，炼什么钢呀！如果真的需要可以向华夏进口吗？造船业也受到严重限制，五百吨以上的轮船被严禁生产。如果需要可以向华夏进口吗？各地的造船厂的各种设备也被拆卸打包运往华夏去了，至此日本除了生产一些小渔船之外，根本没有能力生产大型船只，更别说是军舰了。也就是说战后的日本基本上已经和重工业无缘了，只能发展一些轻型产业。其实这也符合日本的国情，人多地少，资源匮乏，正好适合一些劳动密集型轻工产业的发展。
军队方面，日本缴械之军队，老实的都被遣返回家种地打鱼去了，以视我天朝之宽厚。不老实的都被打发到各地的矿山去挖矿去了，反正日本的资源就那么多，等到他们挖完了，如果还没累死或者老死的话，那就放他们回去。我天朝上国一向就是这么宽厚。
战后的日本海军被撤销，既然是我华夏的属国了，你们的海疆就是我们的海疆。作为老大的华夏帝国，怎么着也得为日本这个小弟做点什么吧!所以日本的海洋就交由华夏帝国海军来守护吧！至于陆军方面，只允许保留一个师团的正规军，也就是近卫师团。而且编制驻地等等都由华夏指定，尤其是武器弹药方面，由于日本已经没有了军工产业，这没关系，作为宗主国总得为属国做点什么吧！不就是一个师团的武器装备吗？全部由华夏免费提供，绝对免费哟！不过可不是你想要什么就有什么，而是我给你什么你就得用什么？想通过别的渠道购买，对不起华夏帝国皇帝不允许你们这么做，何况你有钱吗？有钱先把赔款还清了再说！就算是还清了也不行！
鉴于目前日本国内的局势还不稳定，没有了军队的日本政府，仅靠那些拿着木棒的警察恐怕很难维持秩序。特别解释一下，华夏帝国圣武皇帝陛下说了，你们日本不是自称为大和民族吗？那就应该是一个爱好和平的民族，既然如此那些武器呀什么的东西，你们就不需要了！于是乎别说是枪支弹药，就算是武士刀之类的凶器，都成为违禁物品，如果有人胆敢私藏，一经发现一律以反抗天朝罪论处，一般都是直接处死。就连日本警察也只被允许使用木制或者竹制的警棍维持秩序。
于是乎好心的华夏老大哥再次英勇的站来出来，为了维持日本的正常秩序。华夏帝国皇帝下旨，东征军二十五万大军连同五万朝鲜军，共计三十万大军暂时留驻日本。华夏帝国皇帝任超答应，待日本国内秩序稳定之后，依据日本人民自由表示之意志成立一倾向和平及负责之政府后，华夏帝国天兵将相继撤军。这一点也是逼迫日本政府，尽快稳定国内局势，平定各地**武装。(未完待续。。)