山本坠机第三天（4月20日），海军省接获地面调查组发回的电报，电报中称19日找到了一号机，里面没有生还者，正在收容遗体。
随同山本的死亡信息而来的是东南舰队司令部的另一封电报，内容是：此事件对联合舰队内部和陆军严格保密，并联络了联合舰队先任（首席）参谋黑岛龟人和第二舰队司令长官进藤信竹，后续安排等候中央指示。日本海军不得不面对建军以来第一次外战部队最高指挥官阵亡的现实，作为一个专门从事战争活动的组织，战争就会死人，日本海军原本有一套军令承行令，战时谁死了谁替补安排得明明白白。
如果根据条例，该谁替补谁替补，签字盖章名字曝光，还怎么保密？明白事儿的当地最高指挥官－东南方面舰队司令长官草鹿任一在舰队指挥和保密两边采取了折中的方式，先联系好联合舰队司令部残余人员和第二舰队司令长官，跟他们说出事儿了，至于怎么处理，还得听中央命令，上级的命令永远是对的。
视角转向同一日的东京，“山本坠机善后工作领导小组”兵分两路，海军中负责作战指挥的军令总长永野修身进宫向日本天皇报告山本的死讯，海军大臣岛田繁太郎虽然被称作“东条的裤腰带”，这时候第一个找的不是他的顶头上司首相东条英机，而是去了伏见宫公馆的主人伏见宫博恭王。
伏见宫就是日本海军的幕后大佬（其代理人岛田繁太郎），曾和东乡平八郎并列为舰队派的总后台，有些事情，他说话比天皇都好使，所以新任联合舰队司令长官的任命书就到了。岛田从伏见宫家里出来才去找首相，首相东条英机是核心领导层里最后知道山本死讯的人···
几乎在同一时间，“领导小组”迅速制定了一系列方案。第一是划定山本坠机与古贺接任这俩事情的公开范围（联合舰队，中国方面舰队，镇守府，警备府司令长官），第二是内定最早公布山本坠机事件的时间不早于5月27日。
山本坠机第四天（4月21日）。第二舰队司令长官近藤信竹左等右等没等来中央的回复，要在吉尔伯特群岛附近搞事情的计划没人签字，所罗门群岛空战一天也没停过，据情报分析美军在北太平洋也要有动作，俗话说军不可一日无帅，联合舰队已经三天没有司令长官。
在与山本的司令部残余参谋成员沟通后，近藤以第二舰队司令长官的名义向海军大臣，军令总长和各个舰队司令长官发报：“山本联合舰队司令长官发生事故，由本职代理其职务。”这里出现了一个关于将旗的扯皮，东南舰队司令部上从4月3日山本上前线以来悬挂大将旗，近藤的旗舰爱宕上悬挂的是中将旗。从风帆战舰时代开始，谁桅杆上飘的旗子厉害听谁指挥的规矩一直是海军的传统，现在山本长官人都没了，是把旗子降下来还是暂时不降得扯皮一直扯到4月23日。