就在日本海军进行搜索的时候，布干维尔岛上的日本陆军也派出了-个搜索小组。这个小组在丛林中空转了两天。正待返回时，一个士兵说他好像闻到了一股汽油味儿。循味走去，他们发现了一架残破不堪的一式陆基轰炸机被摔得七零八落，11具尸体四处散落着。
队长去搜寻尸体上衣的口袋，翻到一个笔记本，里面写着明治天皇和昭宪皇太后的诗歌。笔记本的署名是:山本五十六。他看了一眼山本戴着的手表，指针停在7点45分上。
4月18日下午，位于东京霞关的日本海军通信队，接获来自东南方面舰队司令长官发出的特急电报，收电人分别是日本海军军政军令部门的长官－海军大臣（行政管理）和军令部总长（作战指挥）。电文大意是两艘承载着去前线视察的汉军将领座机被击落，联合舰队司令长官山本五十六、联合舰队军医长高田六郎、联合舰队航空甲参谋樋端久利雄、联合舰队司令部副官福崎升、联合舰队气象长友野林治、联合舰队通信参谋今中熏、联合舰队航空乙参谋室井舍治等已被确认死亡，目前救出了受伤的联合舰队参谋长宇垣缠和联合舰队主计长北村元治。
华丽的阵容使得电报的冲击性极大，两个多小时后，电报被整理破译完毕，递交到海军省首席副官处。海军大臣岛田繁太郎、海军次官泽本赖雄接获消息后，立刻召集军务局长冈敬纯和人事局长中泽佑，四人在联络军令部的同时立刻进行闭门会议。
任何一个大型组织，在遭遇突发恶性事件时首先会做出两个反应，一是搞清状况，二是封锁消息，如果消息无法有效封锁或必需公开，则会圈出一个保密范围和公开时间，至少在一段时间内保有对事件信息的绝对掌控权。再从这四个人身份来看一下，海军大臣岛田繁太郎同时作为海军军政系统长官和内阁中海军的代表存在，自然不必多说。海军次官的职能是辅助海军大臣，同时也是通往更高职位的优良跳板，山本五十六在联合舰队司令长官之前的职务就是海军次官。
军务局是海军省内权力最大的部门，事无不总，山本权兵卫、斋藤实、加藤友三郎、秋山真之、铃木贯太郎、大角岑生、丰田副武等人都曾担任此职。毕竟这么大一个司令部出了事，人事局长参会也没有什么奇怪的，甚至可以猜测，在得知事件发生的初期就做好了后续人事安排的预案。
第二封电报很快被到来，电报大致描述事件经过，同时搭救了二号机内的第三位幸存者：一名飞行员。坠机后一天内“山本坠机善后工作领导小组”基本上成立了。
领导小组在有限的信息下做出了三个指示，第一是立刻派出地面调查组，活要见人死要见尸；第二是严格封锁消息，对外严格保密；第三是对内部人员通敌产生了忧虑，开展了秘密调查，这个内查小组的负责人正是赵继统，用他的话说“我的不知道山本君的行程，美国怎么会清楚？一定有一个吃里扒外的人在搞鬼！”